尊崇喇嘛教
喇嘛教，即藏传佛教，流行于蒙、藏地区。喇嘛系藏语译音，意译为上师。喇嘛教分为格鲁派（黄教）、宁玛派（红教）、噶举派（白教）、萨迦派（花教）等派别。自明朝末年顾实汗出兵青海、西藏，击败支持红教的却图汗、藏巴汗，即由黄教创始人宗喀巴的两大弟子达赖、班禅分别治前藏与后藏。
喇嘛宝塔的建立。
天命年间，去蒙古传教的喇嘛斡禄打儿罕囊索应邀到后金，天命六年（1621年）圆寂。天聪四年（1630年）清朝廷为之修建宝塔，立碑撰文：“法师斡禄打儿罕囊者，乌斯藏人（西藏），诞生于佛境，道演真净，既已演通大法，复急于普度众生，于是不惮跋涉，东历蒙古诸部，阐扬圣教，广散佛惠，蠢动含灵之类，咸占佛性。及至我国家（指后金），太祖皇帝（努尔哈赤）敬谨尊师，倍加供给。天命辛酉年八月七日，法师示寂归西，太祖敕令修建宝塔，敛藏舍利。缘累代征伐，未建寿域。今天聪四年，法弟白喇嘛奏请，钦奉皇上敕旨，八王府敕旨，乃建宝塔，事竣刻石而志其胜。”
西黄寺的兴建。
顺治九年（1652年），达赖五世应清朝统治者之邀前往北京，带随从三千。该年三月从西藏起程，顾实汗、班禅四世亲到藏北达木（今当雄）为之送行。清顺治帝特赐达赖五世金顶黄轿乘坐，又派承泽亲王硕塞前往代噶迎接。为接待达赖五世，清政府在安定门外修建西黄寺作为达赖喇嘛的下榻，故该庙又称为达赖庙。
该年十二月十五日，达赖一行抵达北京，顺治帝在南苑猎场接见达赖，赐银九万两。达赖五世也向清朝廷贡献马匹等礼物。翌年二月初二达赖因水土不适，提出回藏。十八日清帝在太和殿赐黄金五百五十两，白银一万一千两，大缎一千匹，并赐其满、汉、蒙、藏四种文字的金册、金印，封达赖五世为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。
雍王府改为雍和宫。
雍王府建于康熙三十二年（1693年）系雍正帝的藩邸。雍正即位后，雍王府的一半改作喇嘛庙；另一半留作行宫。雍正三年（1725年）行宫失火后，在原址上重建，遂改名为雍和宫。雍正帝死后，灵柩停在以前的寝宫永佑殿。乾隆九年（1744年）将雍和宫改为喇嘛庙。
法轮殿是雍和宫内最大的殿宇，系喇嘛举行法会、诵经的场所，殿内正中供奉黄教创始人宗喀巴的铜像（三丈多高），殿内的五百罗汉均用紫檀木雕成。殿内保存着两部重要的藏文经典：一是藏经（一百零八部）；一是续藏经（一百零七部）。
万佛阁（亦称大佛楼）供奉着木雕巨佛，佛身高五丈四尺（另有二丈四尺埋在地下），雕刻大佛的木料系达赖七世进贡的一棵大白檀香树，该树产于尼泊尔。大佛两旁还有两根一丈二尺高的巨香，称为“凤眼香”，这两柱香实际是海底藻类化石，亦系西藏所进贡品。
永佑殿内供奉着无量寿佛（阿弥陀佛），永佑殿东侧为药师殿，系喇嘛习医之处；西侧为数学殿，系喇嘛学习天文、地理之处。
密宗殿，是喇嘛学习密宗经典的处所，讲经殿系探讨佛教哲理的处所。在清朝统治者的大力提倡之下，雍和宫已经成为北京最大的喇嘛庙。
兴建普宁寺。
普宁寺又称大佛寺，该寺建于乾隆二十年（1755年），时值清朝廷出兵准噶尔、生擒达瓦齐之后。乾隆在避暑山庄宴赏厄鲁特四部首领，依照康熙“定喀尔喀”，“建汇宗寺于多伦诺尔”之例，令在避暑山庄之北建普宁寺。普宁寺仿西藏三摩耶庙而建，寺内大乘阁高十一丈，阁内千眼千手观音像六丈七尺，该观音像用松、柏、榆、杉、椴五种木材雕成。寺内耸立着御制《普宁寺碑》。
建普陀宗乘之庙。
普陀宗乘系布达拉之汉译，梵语意为“佛教圣地”。布达拉宫建在西藏西北的玛布日山麓上，始建于唐初。明清之际喇嘛教黄派取得统治地位后，布达拉宫即成为达赖喇嘛居住之地，成为西藏乃至蒙藏地区喇嘛教的圣地。
乾隆三十六年（1771年）系皇太后八旬大寿之年，为招待前来祝寿的蒙古王公，从乾隆三十二年（1767年）起，在清代第二政治中心——承德避暑山庄正北面的山麓上，仿照拉萨的布达拉官建普陀宗乘，人称小布达拉宫。建成之时正值土尔扈特回归，乾隆在避暑山庄接见土尔扈特首领渥巴锡，并在小布达拉宫山门内建有三通石碑：一通刻有乾隆御笔题写的《普陀宗乘之庙碑记》；一通刻有《土尔扈特全部归顺记》；一通刻有《优恤土尔扈特部众记》。
建须弥福寿之庙。
须弥福寿系札什伦布之汉译，是喇嘛教又一圣地，位于日喀则南面的尼色日山下。始建于明正统十二年（1447年）。由宗喀巴的门徒根敦所创建。自班禅四世以来，札什伦布寺一直是班禅一世活佛转世的母寺。
乾隆四十五年（1780年）是清帝七十大寿，班禅六世执意前来拜寿，为接待班禅，清朝廷在避暑山庄之北的山麓上，依照日喀则的札什伦布寺建须弥福寿之庙。该寺自南而北，山门上悬挂着乾隆御书“须弥福寿”之匾。班禅六世在该年七月抵承德，住进须弥福寿之寺。
建昭庙。
宁寿宫花园为接待班禅六世，清朝廷在北京香山又建昭庙，全名为宗镜大昭之庙。
建清净化城塔院。
乾隆四十五年九月在祝寿活动结束后，班禅六世随乾隆到北京，住进西黄寺。乾隆多次赐宴、赏赐班禅六世，满蒙王公更是争先礼佛、布施，前往西黄寺拜佛的善男信女络绎不绝。班禅六世在十一月初二因感染天花，在北京西黄寺圆寂，次年将其舍利金龛运回日喀则。
乾隆四十七年（1782年）为纪念班禅六世，乾隆令在西黄寺的西侧建“清净化城塔院”。清净化城塔仿照印度佛陀迦耶式塔而建，中间主塔高五丈，塔座台基高一丈，因塔内埋有班禅六世的衣冠、经咒，故又称之班禅塔，塔院的碑亭里，竖着刻有御制《清净化城塔记》及《班禅圣僧并赞》的石碑。
清朝廷对喇嘛教（黄教派）的提倡并非出于宗教信仰，而是出于对蒙、藏地区进行统治的需要。
