康熙初政
顺治十八年正月初七（1661年2月5日），清帝顺治因生天花去世，享年二十四岁。遗命皇三子玄烨即皇帝位，自明年起改元康熙；并令满洲大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜辅弼年仅八岁的新君。四辅政大臣动辄以恢复关外旧制为施政宗旨，“必举太祖、太宗为辞”，尽“改世祖（顺治帝庙号）之政”，诸如取缔内阁翰林院恢复内三院、以换圈为名进行大规模圈地、屡兴冤狱、钳制汉族士人等。
鳌拜专权。
康熙六年（1667年）七月初七，康熙帝在太和殿举行亲政大典。当时位列辅政大臣之首的索尼于该年六月二十三日病故，鳌拜则以辅臣之首自居。在长达七年的辅政期间，鳌拜利用索尼年老多病和遏必隆生性懦弱，网罗党羽，安插亲信，大权在握，诛杀异己。康熙亲政后，鳌拜依旧“结党营私”，户部满尚书出缺，康熙已任命玛希纳出任，鳌拜却任命党羽玛尔赛，强行增设一名满尚书。
同年七月十九日鳌拜不顾康熙帝反对，将反对换圈的辅政大臣苏克萨哈处死。
苏克萨哈之母系努尔哈赤第六女，隶满洲正白旗。顺治八年（1651年）二月因告发摄政王多尔衮殡服违制而受到顺治帝的器重，顺治十八年正月初七遗命辅政。苏克萨哈与两黄旗大臣索尼、遏必隆、鳌拜同列辅政之列。因两黄旗与两白旗在继立问题上所存在的积怨，苏克萨哈在换圈以及处置反对换圈的满汉三大臣等问题上，均与鳌拜意见相左。为了遏制鳌拜专权，苏克萨哈一再“自行启奏”吁请皇帝亲政，并明确表示：“夕归政于皇上，朝即具疏往陵寝居住（为顺治帝守陵），”绝无恋栈之意。在康熙亲政后第六天（七月十七日），苏克萨哈上疏请“往守先帝陵寝”。鳌拜遂假传圣旨，“著议政王大臣会议具奏”。
七月十五日，鳌拜党羽、大学士颁布尔善罗织苏克萨哈二十四大罪状（诸如“背负遗诏”、“欺藐皇上”、“背负先帝”等）交议政王大臣会议。七月十七日在鳌拜的干预下，议政王大臣作出对苏克萨哈及其子查克旦凌迟处死，对苏克萨哈子达器、德器，孙侉克札、侄海兰等斩立决、籍没家产的议处。康熙“知鳌拜等怨苏克萨哈数与争是非，积以成仇”，“坚持不允所请”。鳌拜竟“攘臂捋袖”，咆哮御前，君臣争辩一天，其结果只是将苏克萨哈从凌迟处死改为绞刑。
康熙智擒鳌拜。
人物五彩瓶鳌拜党羽遍及宫廷内外，朝廷上下，康熙御前侍卫都有鳌拜党羽。如果颁发谕旨逮系鳌拜，“不免激生事端”，变生肘腋。康熙遂从小太监中择强壮者练习“布库”之戏（满语摔跤）。
康熙八年（1669年）五月初，康熙帝召皇后叔父索额图（索尼次子）入官对弈，安排逮系鳌拜细节。五月十六日，鳌拜入宫议事，演行布库的小太监十余人将鳌拜生擒。索额图持皇帝谕旨把鳌拜死党班尔布善等十余人捉拿。五月二十八日经议政王大臣会议议处，宣布鳌拜“欺君擅权”、“阻塞言路”、“偏护本旗”、“上违遗诏、下虐生民”等三十条罪状，将其革职、拘禁；鳌拜之弟穆里玛、侄塞本得以及心腹党羽班布尔善等共计七人被处死。对于曾经党附过鳌拜的官员，康熙“姑从宽免”，令彼等“务须洗心涤虑，痛改前非，遵守法度，恪其职业”。
康熙在亲政后两年，始赢得朝纲独断。
平反昭雪冤案。
康熙八年六月十一日，令吏、兵二部对苏克萨哈一案内涉及的文武官员予以起复，“复故辅政大臣苏克萨哈原有二等精尼哈番世职，令其子苏常淑承袭”。
该年七月十一日，颁布为苏纳海、朱昌祚、王登联昭雪的谕令：“朕阅处分原任户部尚书苏纳海等原案，”鳌拜等“以拨地迟延，遽行拿问，多端文致诬陷，不按律文，任意将其无辜处死”，“原任总督朱昌祚、巡抚王登联于拨换地亩时，见民间旗下困苦，因有地方之责，具疏奏闻，辄以非其职掌，越行干预，亦不按律文，冤枉处死。伊等皆国家大臣，并无大罪冤死，深为可悯，理应昭雪，以示仁恩。”八月二十四追谥苏纳海为“襄愍”，朱昌祚为“勤愍”，王登联为“悫愍”。
同年八月十一日，为原钦天监监正汤若望、原钦天监监副李祖白平反昭雪：恢复汤若望“通微教师”之号，“照伊原品赐恤，还给教堂基地”；李祖白以及其他被处死的钦天监官员宋可成、宋发、朱光显、刘有泰等俱“照原官恩恤，流徙子弟取回，有职者复职”。
汤若望像汤若望、李祖白一案亦系四大臣辅政时期一大冤案。康熙三年八月初七，因徽州新安官生杨光先上《请诛邪教疏》，指控汤若望“借历法以藏身，窥伺朝廷机密”，图谋不轨，传播邪教，所制历法有误等罪，辅政大臣令礼、吏二部会审此案。在历经三个多月的审讯后，此案移交刑部（十一月十九日），直至康熙四年三月初，经议政王大臣会议，作出汤若望、李祖白等八人凌迟处死的判决。该判决送抵御前时，适逢北京发生强烈地震，在孝庄皇太后的干预下，对汤若望、杨弘量、杜如予“免死”，李祖白等五人“俱著即处斩”。
革除辅政时期弊政。
康熙七年，在鳌拜的把持下，颁布“查故明废藩田产，悉行变价，照民地纳粮”的谕令，“以租种之人，即可为承买之人”。明藩田共约十七八万顷，分布在直隶、山东、山西、陕西、河南、湖北等省。明清之际，上述土地已归农民占有、耕种，其中大多数人无“余资置买田业”，变卖藩产加重承种之人的负担。清除鳌拜集团后，康熙撤销变卖藩产的命令，“将几尢在未变价田地，交与该督抚，给与原种之人，令其耕种，照常征粮”，“永为世业”。又因“废藩自置之田，给百姓耕种者”，除“输粮之外，又纳租银”，自今以后“与民田一例输粮，免纳租银”。
自汤若望等入狱后，清朝廷即任命杨光先为钦天监监正（康熙四年），废除西洋历法，沿用传统的大统历。康熙八年，因杨光先等在日食、月食、春分、秋分等推测上屡屡失误，自康熙九年恢复使用西洋新法制历，且任命传教士南怀仁为钦天监监副。
康熙八年六月下达永远停止圈地的命令，“其今年已圈者，悉令给还民间”，“至于旗人”，可从“古北等口边外空地拨给耕种”。
康熙九年（1670年）闰二月，谕令恢复满汉官员品级划一之制，照顺治十五年之例；该年八月，改内三院为内阁，设立翰林院；同年十一月，改变辅政时期不准八旗官员子弟入学国子监的规定，恢复顺治时期之制，每牛录择子弟二人入国子监。
诏举博学鸿词特科。
康熙十七年（1679年），清帝为表明“崇儒重道”、“求贤右文”之意，令“在京三品以上及科道官员，在外督（总督）、抚（巡抚）、布（布政使）、按（按察使）各举所知”，推荐“学行兼优、文词卓越之人”，翌年三月在京举行考试。名士严绳孙只作一首“省耕诗”即交卷，康熙帝以“史局不可无此人”令阅卷官破格录取。此次特科录取五十人，被录取者，皆入史馆纂修明史。
