朱由校也知
道事态严重，就点头同意。
移宫成定局
杨涟这时对随行的太监们说，外事缓急有诸位大臣，调护圣躬却在诸内臣，责任重大。太监王安则答应一定尽职尽责，众人这才退去。大臣们合议，还是得即日正位，让内官进奏，朱由校不允。众人便在殿中坐等。这时吏部尚书周嘉谟又联合众臣合疏进奏，请求李选侍移出乾清宫，迁往别宫。御使左光斗明白指出，殿下今已十五岁，内有忠直老成的内官辅佐，外有朝中重臣辅佐，哪里乏人，还须李选侍像照顾婴儿一般贴身相随?因此，伏请即早决断，如果李选侍借抚养之名而行专制之实，那武则天之祸就不会太远了!
皇长子觉得有理，发布上谕，说移宫已有圣旨，册封贵妃一事，尊卑难称，著礼部再议。给事中暴谦贞却毫不保留地坦白说，皇长子即将登上大宝，上有百灵呵护，下有群工拥戴，何用此妇人女子!而且李选侍并非忠诚爱国，万一封典得行，专权用事，恐怕难以抑制。好在宫中忙乱，没人理会，这一番话并没有引出风波。李选侍接纳心腹李进忠的主意，邀朱由校和她同宫，还忿然宣言，要逮捕杨涟、左光斗。杨涟在宫门遇见李进忠，询问李选侍何日离宫?李进忠摇手说：“李娘娘甚怒，今母子一宫，正欲究左御使武氏之说!”杨涟怒叱说：“误矣，幸遇我。皇长子今非昨比，选侍移宫，异日封号自在。且皇长子年长矣，若属得无慎乎?”李进忠默然无语。
科道官员惠世扬，张泼从东宫门出来，听了这件事也大惊失色，说今日选侍垂帘，下旨逮捕光斗。杨涟立即驳斥说，没有这事!宫禁一时人心惶惶。谁也弄不清楚是如何变局，皇帝是亲近李选侍对付朝臣还是倾向于朝臣疏远李选侍，大臣们一个个狐疑满腹。
过了几天，李选侍还是住在乾清宫，逍遥自在，根本没有移宫之意。杨涟便直言上奏，说先帝过世，人心惶危，都说李选侍假借保护之名，阴图专权之实，伏请殿下暂居慈庆宫，拨别宫先迁出李选侍，然后再奉驾还宫。祖宗宗社最重，宫帏恩宠为轻。如今登基已在明日，哪有天子偏处东宫之处!这移宫一事，臣等进言在今日，殿下也当实行在今日。杨涟呈上奏疏后，拜见方从哲。方从哲认为这件事不用太着急，晚两天也没什么关系。杨涟却说，太子明天就要登基了，难道登基为天子后还要回到东宫的住处吗?李选侍今天不愿离开乾清宫，难道以后就会主动离开了吗?方从哲被杨涟说服，两人统一了意见，又去促请太子颁下严令。
于是登基在即的熹宗朱由校下令，命李选侍移出乾清宫，移住仁寿殿。他还下令收捕李选侍身边的几个亲信太监，理由是他们涉嫌偷盗大内库藏。这样一来，势单力孤的李选侍敌不过皇帝的一纸命令，移宫已成定局。群臣们又反过来劝皇帝，看在昔日光宗的旧宠之上，遵照光宗的嘱托，善待李选侍母女。小皇帝虽然对李选侍往日咄咄逼人的态度十分不满，但还是答应了。
于是，这样一件震动宫闱的移宫案终于以李选侍的失败而落下帷幕。
