从大蒙古国到元王朝
按照传统的说法，元朝的历史，从后来被元政府追尊为“太祖皇帝”的成吉思汗在蒙古高原建立大蒙古国（1206）开始，直到元顺帝于1368年在北伐明军的攻击下逃离大都（今北京市）为止，总共有163年。
但在实际上，这163年的历史显然应当被分为两个不同的阶段来看待，第一阶段从1206年到1259年。这时候大蒙古国的统治重心在蒙古高原，先后经历成吉思汗、窝阔台合罕（成吉思汗第三子）、贵由（窝阔台子）、蒙哥（成吉思汗幼子拖雷之子）共四个大汗的统治。所以它也经常被称为“前四汗时期”。在这个时期，蒙古帝国的版图囊括了欧亚旧大陆的相当一部分。蒙古统治下的北部和西南部中国的历史，可以说是这个世界帝国的历史的一部分，但是我们不能因此就把蒙古帝国简单地看做是“扩大的”中国。第二阶段从1260年忽必烈（蒙哥弟）即位起，迄于元末。由于忽必烈的汗庭在漠南汉地，这时大蒙古国的国都从哈刺和林（在今蒙古国鄂尔浑河上游东岸的哈尔和林）南移，先有开平（在今内蒙正蓝旗东北，后称上都），以后又建立大都，并且正式采纳汉式的国号“大元”。所以第二个阶段也叫“元时期”。元王朝的历史构成成吉思汗像中国历史的一个有机组成部分。蒙哥死后，蒙古高原上还出现过第五位大汗阿里不哥（蒙哥幼弟），据漠北与忽必烈相抗，前后四年，最终失败。阿里不哥在元代的官方历史中被宣判为“叛王”，但他的名字曾被冲制在钦察汗国发行的钱币上，表明钦察草原上的蒙古诸王其实是承认他的第五任大汗的地位的。
1206年，45岁的成吉思汗经过近20年的浴血奋战，终于统一了塞北高原上的游牧各部落，建立起庞大的草原帝国。它的蒙语国号叫“也客忙豁勒兀鲁思”，意即“大蒙古国”。自从9世纪中叶回鹘汗国瓦解以后，大漠南北的游牧民经历了360多年的曲折和反复，才重新形成一个更为巩固的游牧人共同体。与此同时，“蒙古”作为塞北游牧人共同体的认同名称也逐渐赋有地域指称的派生涵义，用来称呼蒙古人兴起和长期活动的欧亚草原的东部地区。
统一蒙古各部的战争尚未完全结束，成吉思汗就已开始了对蒙古草原以外地区的军事征服活动。1206年后，对外征服更成为他全力以赴的事业。从1207年到1227年去世的21个春秋中，成吉思汗有16年在外领兵征战。他逼迫金朝把首都从燕京（今北京市）迁到河南，从而占据了黄河以北的大片金旧土。经过四征西夏、围困西夏国都中兴府（今宁夏银川市），他差不多完成了对西夏的军事经略。他带领的蒙古第一次西征大军转战于花刺子模的东部各省区，偏师横扫里海、咸海以北的钦察草原。震动欧亚的武功将骇人听闻的残暴带到蒙古马蹄所至之处。汉文史料描写说：“王钺一挥，伏尸万里。”这其实并不算太夸张的言辞。
对蒙古草原毗邻地区的军事征服，在成吉思汗的继任者们在位时仍继续进行。窝阔台即位后发动的“长子西征”确立了蒙古人对花剌子模的大部分领土、钦察草原乃至俄罗斯各公国的统治。在蒙古草原之南，西夏和局促于河南一隅的金朝先后灭亡在窝阔台的手里。蒙哥汗在位期间的西征军，在蒙哥汗弟弟旭烈兀统帅下，摧毁了阿拔思哈里发王朝；由蒙哥本人发起的对南宋的新一轮攻略，则在十多年后最终由他的皇弟忽必烈完成。蒙古语或突厥语成为从长江下游到伏尔加河、德聂伯河上游和西亚两河流域的大片领土上最权威的官方语言。
按照蒙古游牧分封制的原则，全体蒙古游牧平民都是成吉思汗的“黄金氏族”的领属民。这种领属权应该像家产一样在黄金氏族直系成员之间予以分配。领属民是连同供他们游牧的土地一起被分配的。于是草原帝国“大兀鲁思”内部就被分解成一系列由黄金氏族各支所领有的兀鲁思：成吉思汗诸弟的兀鲁思在蒙古高原东部，从鄂嫩、克鲁伦河中游直到呼伦贝尔地区和大兴安岭两侧称为东道诸王或“左手诸王”（蒙古帐幕坐北面南，故以东方为左手）；诸子的兀鲁思分布在蒙古高原西部的阿勒台山两侧，称为西道诸王或“右手诸王”；东、西道诸王兀鲁思之间，则是由大汗本人控制的黄金氏族的共有家产，称为“中央兀鲁思”或“在内的兀鲁思”。每个兀鲁思都拥有自己的“汗”；大汗则作为诸汗的汗，直接统治着中央兀鲁思。
相比而言，西道诸王的兀鲁思显然比东道各兀鲁思具有更多的向外拓展的可能性。因此，术赤（成吉思汗长子）的兀鲁思西界遂越过也儿的石河（今额尔齐斯河）大幅度向西推进，将整个钦察草原囊括入内，较早就形成为疆域辽阔的钦察汗国（俄文史料称为金帐汗国）。察合台（成吉思汗次子）、窝阔台的兀鲁思向天山以南和西部天山扩张势力。阿姆河以西则在后来成为受蒙哥之命西征的皇弟旭烈兀所建立的伊利汗国地盘。除去上述四大汗国，蒙古草原及其以南的汉地社会，乃是大汗治理下的大兀鲁思或中央兀鲁思的所在。
在整个前四汗时期，蒙古对被征服的各农耕城郭地区采取间接统治的方法。无论在汉地还是西域，凡在两军争战之际举一城、一郡之地降附者，即用为守令，得自辟僚属、世袭官职。这样的人，在汉地叫“世侯”，在西域多称为“篾力克”。他们在按时向蒙古统治者缴纳贡赋、遵照规定把子女送到大汗处作为人质、按时到汗廷入觐、奉调随蒙古军出征、接受派驻本地的蒙古“达鲁花赤”的监督等条件下，控制了地方上的行政、军事、财赋、司法等大权，其地位可以世袭。这些人中有一些属于蒙古征服前的政府官员，更多的是乘社会动乱而崛起的地方豪强。所以汉文史料称他们“由鼠而虎”；波斯诗人提到西域发生的类似现象时吟咏道：“时代的面孔已翻转来……驴子的身份不再卑贱，它们被安上豹皮雕鞍，还戴上了金冠。”
蒙古游牧制下国家的最高中枢行政官是“大断事官”，蒙语称为“也客札鲁忽赤”，大断事官们的书记官叫“必阁赤”，是协助大断事官处理国务，尤其是掌管财政事务的最重要的助手。必阁赤班子里有汉人、波斯人、突厥人等各种被征服民族的知识人，帮助他们的蒙古长官从各征服地区征收赋税粮食、处理其他重要的行政问题。窝阔台汗在位时，给必阁赤机构一个“中书省”的汉语称号，使其中的一些契丹人、汉人必阁赤得以称“中书右丞相”、“中书相公”等官号以自娱。其实在蒙古人眼里，他们的真正身份仍然是书记官。
随着蒙古对各农业定居社会的征服越来越深入地从军事管制转变为秩序化统治，窝阔台汗前期，除已经获得相对独立地位的术赤兀鲁思外，大汗将蒙古本部以外的统治地区划分为中原汉地和西域两大部分，分别派驻大断事官和必阁赤署事。到他统治的末期，又以阿姆河为界，将西域分为东西两部分治。到蒙哥朝，三大被征服区的划分和派驻大断事官分治其地的体系成为定式，汉语文献称为“燕京行尚书省”、“别失八里等处行尚书省”（辖有自今新疆西至锡尔、阿姆两河之间的“河中诸城”）和“阿姆河等处行尚书省”（辖阿姆河以西地区）。三大行政区的大断事官衙署，分别设立在燕京、别失八里（在今新疆吉木萨尔北）和徒思城（在今伊朗霍腊散省马什哈德北）。中国古籍将燕京大断事官衙署称为“行尚书省事”、“行省”，称大断事官为“丞相”、“行省丞相”；穆斯林史籍则称大断事官为“大异密”。
现在我们看到，大蒙古国在将其版图扩大到毗邻的各农业社会的最初半个世纪里，实际上是把草原体制下的蒙古式行政中枢直接引入三大被征服区，辅之以遍置于地方的达鲁花赤就近弹压，藉此辖制和支配专制一方的世侯或篾力克，由此实现对被征服地区的间接的军事、行政统治。这种情况，在忽必烈夺得汗位后才发生根本性的改变。
蒙古游牧国家的汗位继承问题，一直困扰在两种互相对立的原则冲突中。一方面，根据“幼子守产”的家产制原则，当儿子长大成家、离开父母独立生活时，有权带走属于父母的一部分财产（主要是牲畜）。最小的儿子不离开家庭，由他继承父母留下的大部分家产。这一原则影响到人们关于汗位继承权的观念，赋予幼子以某种优先权力。另一方面，从身为大汗所应当具备的政治、军事阅历、个人威望等资质条件考虑，往往是年长的儿子占有更多的优势；因此蒙古游牧社会在政治权力的继承问题上也有优先选择年长子嗣的传统。成吉思汗的妻子是在被敌对的游牧部落篾儿乞人俘获期间怀有长子术赤的。术赤的可疑出身更增加了当时汗位继承问题的复杂性。早在第一次西征之前，黄金氏族内就为此爆发过一场激烈的争论。明初从蒙古语译为汉语的《蒙古秘史》用十分生动的白话记述了这次争执：
“临行时，也遂夫人（成吉思汗的诸妻之一）说：‘皇帝涉历山川，远去征战。若一日倘有不讳，四子内命谁为主?可令众人先知。’太祖（指成吉思汗）说：‘也遂说的是!这等言语，兄弟、儿子……等皆不曾提说，我也忘了。’于是问拙赤（即术赤）：‘我子内你是最长的，说什么?’拙赤未对，察阿歹（即察合台）说：‘父亲问拙赤，莫不是要委付他?他是篾儿乞种带来的，俺如何教他管?’才说罢，拙赤起身，将察阿歹衣领揪住，说：‘父亲不曾分拣，你敢如此说?……’说了，兄弟各将衣领揪着。……太祖默坐间，有阔阔搠思说：‘察阿歹你为甚忙?皇帝见指望你。当你未生时，天下扰攘，互相攻劫，人不安生。所以你贤明的母（指孛儿帖夫人）不幸被俘。若你如此说，岂不伤着你母亲的心?’……太祖说：‘如何将拙赤那般说?我子中他最长。今后不可如此说!’”一场风波，终于以勉强推举第三子窝阔台作为大汗继承人而暂时了结。
大概是出于成吉思汗的声望，他所支持的窝阔台在他死后很顺利地登上了汗位。窝阔台死后，术赤系后王拔都（术赤子）不满窝阔台之子贵由即位，托辞足疾拒绝参加推举大汗的宗亲大会。贵由为此忿懑不已，即位后就领兵西驰，想攻打拔都。只因为他在西行途中突然死去（据当时谣传，一说为拔都派遣的奸细毒死，一说与拔都弟昔班酒后斗殴致死），宗亲间的一场内讧战争才得以避免。贵由死后，拔都力主推戴拖雷之子蒙哥为大汗。窝阔台、察合台系后王先是消极抵制，后来两系部分诸王又以朝会为名，企图率军突袭蒙哥；事泄，遭到蒙哥的清算。蒙哥在位10年。1259年，他因攻宋受伤，染疾而死，由是酿成蒙古高原和中原汉地两汗对峙的汗位继承危机。
蒙哥汗蒙哥汗有三个同母胞弟。他即位后，命忽必烈到汉地主持攻宋，旭烈兀西征穆斯林世界尚未臣服的部分。忽必烈虽然因为治理汉地“得中土心”而招致蒙哥猜忌，一度被召回漠北，但不久还是被重新遣往中原配合蒙哥汗攻宋。因此在蒙哥亲征四川以后，留守漠北大营的是他的幼弟阿里不哥。蒙哥死讯传到漠北，阿里不哥立刻调兵遣将，按图籍号令中原诸道，多方钳制忽必烈，诱逼他返归漠北。这一番动作再清楚不过地表明，他是为夺取汗位做准备。
在当时黄金氏族的成员中间，忽必烈似乎是最留心汉地治乱的一个人。中原士人和统治层中的许多人也都把“用汉法治中国”的希望寄托在他的身上。按往昔惯例，在接获丧报后，忽必烈应当尽快停止攻宋，回赴草地“会丧”。但是，尽管他确实采取了“断然班师”的行动，却在退到燕京附近后逗留不进将近三个月。他明白自己的优势是在漠南汉地，返回蒙古草原，他就只能受制于阿里不哥和支持阿里不哥的窝阔台、察合台系和术赤系后王。观望再三，他决意利用中原汉地的经济、人力和政治资源，与阿里不哥争夺汗位。1260年4月，他抵达新筑成不久的开平城，以先发制人的手段抢先宣布即大汗位，建元中统。支持他的蒙古宗亲，主要是东道诸王。消息传到漠北，阿里不哥连忙在他驻夏的阿勒泰山麓召集大会，即位称汗。随即爆发的争位之战时断时续地打了四年多，以走投无路的阿里不哥被迫向忽必烈输诚结束。
忽必烈与阿里不哥的争位战争对蒙元历史的意义，远远超出了到底由谁来继承大汗宝座这个问题本身。一方面，忽必烈依靠汉地资源战胜阿里不哥，为蒙古贵族中主张变通祖制来解决“汉地不治”的一派把统治重心从碛北移至漠南，从而更加便利于他们采纳汉法，建立对中原的秩序化统治，提供了一次恰逢其时的契机。另一方面，蒙古统治重心的南移，必然地给予大蒙古国的政治地理结构以重大影响。如果说一个立国于蒙古高原的王朝有可能同时控制中原汉地和西域诸地，那么立国于中原的政权要同时有效地控制蒙古高原和西域就会经常显得力不从心。蒙古高原是黄金氏族的“祖宗根本之地”。为了确保蒙古本部，蒙元政府不得不逐步放弃对大蒙古国建立在西域的两大行政区的直接统治。
在争位战争之初，西道诸王的立场对忽必烈十分不利。术赤、察合台和窝阔台系后王都支持阿里不哥：留守旭烈兀老营的药木忽儿（旭烈兀子）也站在阿里不哥一边。为争取西道诸王的支持，忽必烈乘西道诸王对阿里不哥渐生不满的形势，明确宣布自阿姆河以西直到马木鲁克（当时统治埃及的穆斯林王朝）疆界的全部“塔吉克地面”归旭烈兀守卫，阿姆河以东直到阿勒泰山之地则归察合台后王阿鲁忽镇守。于是，除术赤后王早已分治于钦察草原之外，突厥斯坦西部及河中地区、波斯和呼罗珊（今阿富汗西北部和伊朗霍腊散省）也正式从大汗直接领有的国土中分离出来，成为中央汗廷的守藩之国。这样，1260年就成为大蒙古国的行政体制和政治地理结构都发生了重大改变的一年。
忽必烈的即位诏书，在中统元年他登上皇位一个月之后才颁行天下，表明当时他筹措抢先即位，是何等忙乱仓促。这是蒙古大汗第一次依汉制发表即位诏。忽必烈在诏书里宣布：“祖述变通，正在今日。”此后十多年间，新政权大规模参用中原王朝的传统体制以改变“文治多缺”的局面，朝廷取《易经》“大哉乾元”之义，建汉制国号谓“大元”（1271）；定制以开平为上都（1264）、燕京为大都（1272）；国家的行政、军事、监察、司法、财税等制度体系也逐渐完备。
隋唐王朝的行政中枢机构采取三省六部制。以后中书、门下两省权势渐衰，金朝废二省，止用尚书省领六部。由于大蒙古国时期借用“尚书省”作为大札鲁忽赤衙署的汉语译名，忽必烈改用“中书省”作为行政中枢的名称，以之领吏、户、礼、兵、刑、工六部。元初用重臣带中书省职衔到地方协调处理特殊事务，称为某处行中书省事，事毕撤罢。到忽必烈后期，派驻各地的行中书省（简称行省）逐渐成为常设的最高地方行政机构。依元代定制，除中书省直辖地区（含今山东、河北、山西、辽宁、内蒙等省区的大部或一部），全国划分为岭北、辽阳、河南江北、陕西、四川、甘肃、云南、江浙、江西、湖广等十余个行省，并设宣政院兼理吐蕃（今西藏及云、贵、川、青藏地区）军政。天山南北的诸多绿洲城池，元代中后叶大都在察合台系后王的控制下。原驻畏兀儿地区的高昌王亦都护家族退居永昌（在今甘肃）。元廷在位于元西北边境的哈迷里（今新疆哈密）安置了忠于元朝的一支察合台后裔，封为豳王。
中统三年（1262），山东益都世侯李璮趁忽必烈正与北边的阿里不哥开战，降宋反元。李璮经营益都近30年，势力及于益都以东和东南的差不多整个山东半岛，南至与宋交界的淮水北岸。他长期利用自己的势力范围地处蒙宋对峙的战略要冲的便利，“恫疑虚喝，挟敌国以要朝廷”，益兵自雄。这一次他仓促发难，声称降宋而不曾事先与宋取得确实的联络，自以为华北各地会群起响应，但大多数世侯却加入了朝廷组织的讨璮大军；在战略上他犹疑保守，坐失主动出击、扩大战果的时机。占领济南后，李璮屯兵不进达几十日，坐等元廷调度各路军队，包围济南。从这些情况看，李璮本人似乎先已陶醉在本为迷惑元廷而布设的虚张声势的烟雾中。他的失败自然不过是时间问题。
元军从中统三年夏历四月初起树栅凿堑，围困济南。五月中旬，将之完全困死。至六月中旬，城中以屋檐茅草喂马，人相食。又历一月，城破。李璮自沉于大明湖，因水浅不死，生擒后被处死于军前。
李璮称乱后，汉地世侯们虽然多站在朝廷一边，但李璮敢于盼望他们起而响应，说明他们之间一定有过某种隐秘不法的交往。忽必烈抓住这些在地方上尽专兵民之权的世侯们人人自危的时机，以“惩青徐之乱”为由，采取了一系列“潜销诸侯之横”的措施。元廷在地方上推行兵、民分治的制度，许多世侯被削去军权，保留文职；接着又罢各地管民官世袭，立迁转法，收世侯符节，易地为官；对一家有数人居于要职者，规定兵民权不可聚于一门，诸侯总兵者，其子弟勿复任兵事。制下，河北大军阀史天泽子侄同日解兵符者凡17人。此后又制定官员俸禄，颁职分田；确定官吏员数、官职品从；省并州县，减缩地方建制二百余处。李璮之乱反而成为元廷推行地方行政制度改革的一个重要的促进因素。
忽必烈朝在行政体制的临民部分大规模采纳汉法，并不意味这个北族政权会按照中原王朝的范式全方位地实行“汉化”。公元10世纪的辽政权及其以后的北族王朝（金、元和清），与它们之前的北族王朝（如“五胡十六国”时期的绝大多数非汉族政权，北魏及其继承王朝，后唐、后晋、后汉等沙陀政权）相比，有一个重要特点，就是它们在统治了人口密度远远超过其原居地的汉族社会之后，仍然保留着“龙兴之地”作为种族和文化认同的重要资源。因此它们的制度体系必然会包含这样一些制度成分，其主要功能乃是反映与保障该支配种族及其文化认同、维护支配种族的至上地位。
在建立汉语国号“大元”以后，元政权并没有放弃它原先的“大蒙古国”的蒙语国号。元代后期的蒙、汉文合璧碑铭中，汉文“大元”国号，蒙语译作“称为大元的大蒙古国”，或者“大元大蒙古国”，或者译作“大蒙古国”。与汉、蒙语国号并行使用一样，元代纪年方式也是汉、蒙两种形式并用。元历代帝的尊号，亦有汉、蒙两种名号。如忽必烈的汉式尊号为“宪天述道仁文义武大光孝皇帝”，蒙语尊号作“薛禅合罕”，意即贤明的大汗；两种名号之间不存在不同语辞之间的对译关系，而是各自出于两个本不相同的符号体系。元帝的即位仪式，也需要依汉法和蒙古法的方式分别履行。可见即使是在元时期，元王朝的皇帝其实同时担当着两种角色：对汉族臣民，他是皇帝；而对蒙古民众，他仍然是一个大汗。
所以，处在从大蒙古国到元王朝的转型时期，忽必烈为他的后代所奠定的统治体系，是一个在蒙古人、汉人、回回人（蒙古统治者主要用回回人理财）之间保持着适当张力和微妙平衡的制度及政策体系。他的汉族谋士们反复向他宣传的“用汉法治中国，则为中国之主”，不过是他们一厢情愿的臆想而已。
在中原汉地纲纪粗张、制度稍具以后，攻宋便被提上元廷的议事日程。元朝攻取宋重镇襄阳的军事行动从至元五年（1268）开始，至元十年，襄阳破。翌年元军揭开大举灭宋的战幕。至元十三年，宋都临安（今浙江杭州市）献降。又越三年，漂流在压山（在广州湾内新会南百里洋面上）海面上的宋流亡小朝廷被元军追灭。同年，坚持抗战三十多年的四川合州宋军也被迫款附。南宋版图至此全为元有。
与征服中原期间蒙古军队大规模的杀戮相比，元军在攻灭南宋的过程中，已明确地意识到尽可能避免残破南方经济、扰动江南社会的必要性。南中国在此期间遭受的破坏，总的说来不算太严重。
统一全国以后，忽必烈仰慕汉唐“万方来朝”的声威，不断遣使到海外各国去“宣布朕意”，招谕他们入朝。由于招谕的结果不能满足忽必烈以世界霸主自诩的期望，遂使他渐生开边之心。他自称不取爪哇，“犹痒在心”，所以需要得力的战将为他“爬搔”。忽必烈朝后期，元军连续征讨日本、安南、占城、缅国、爪哇等“海外诸番”。这些远征的后果，重者全军覆灭，轻者“粮尽师老”、无功而返，徒然给元朝本国和战争所在地的民众带来沉重的经济负担和生命牺牲。这时候，为筹划海外战争引起的对元代经济和社会秩序的破坏，其程度甚至远远超过征服南中国的大规模平宋战争。
至元三十一年（1294）初，80岁的忽必烈病死于大都。他曾经册立第二子真金为皇太子，可惜真金早死。忽必烈晚年属意于真金幼子铁穆耳，授以皇太子旧印；并且将全真道士张留孙推荐给真金遗孀，说他“必能善事太子”。病危之前，他选择平宋战争的主帅伯颜为顾命大臣，代表自己在帝位继承问题上“扬命群王”。铁穆耳靠伯颜“握剑立殿陛，陈祖宗宝训，宣扬顾命”，终得即位为帝，是为成宗。事成后，伯颜表示从此只愿“与诸王饮于宫前，余非所知也”。另一位顾命大臣玉昔帖本儿也如释重负地说：“大事既定，吾死且无憾。”可见忽必烈的遗志并非是在风平浪静中实现的。
成宗即位后起用的军国重臣，差不多全是忽必烈后期政府的原班人马，这从人事方面保证了按忽必烈遗规“持盈守成”的基本国策。但他虽然能够承袭忽必烈的“成宪”，却无法轻易地将乃祖在半个多世纪的文治武功中所积累的丰富经验和巨大声望据为己有。他只有到自己更熟悉的草原传统中去寻取必要的资源。因此，强调宽宥“惟和”，成为成宗时期朝政的重要特点。元廷在这时罢征安南，拒绝臣下再次用兵日本的建议，已奏准弹压广西洞寨骚乱的成命，廷议后也被追回，改为遣人招谕。虽然在西南和西北仍有过军事经略，为远征“八百媳妇”地区（在今泰国清迈一带）而调运馈饷还引起过荆湖全省民怨沸腾，但总的说来，经历了忽必烈治下几十年朝廷多事的时期后，本朝对内对外凡事“处之以安静”，给予整个社会以休养生息的时机。成宗的“垂拱而治”，收到了一定的成效。
古代风景画鉴赏1307年初，成宗在连年衰病后死去。皇后卜鲁罕惟一的儿子已死于此前。卜鲁罕企图以成宗堂弟、安西王阿难答辅国，临朝称制。阿难答本人因手握重兵，也有以忽必烈嫡孙（忙哥剌之子）身份夺取皇位的意图。两人互为奥援，可能与他们对伊斯兰教都颇有同情乃至信仰之诚有关，甚至还可能是因为他们之间有私通情节。而蒙古高级贵族中反对卜鲁罕的人，利用汉式官僚中枢在皇权暂时中断时对政治结构的关键性影响力，竭力阻挠卜鲁罕的计划，一面秘密遣人分别远赴漠北和怀州（治今河南沁阳），邀成宗兄答刺麻八剌的儿子海山和爱育黎拔力八达母子迅速赴都。爱育黎拔力八达在汉人谋臣的反复敦劝下，为避免卜鲁罕“邪谋得成，以一纸书召还”而束手被擒的命运，勉强赴都。接着他又在随行心腹的鼓动和反皇后集团的蒙古大臣配合下，于阿难答发难前一日率卫士秘密驰入禁中，拘捕阿难答和卜鲁罕，最终以争位斗争中实力最弱的一方“廓清宫阙”。
虽然爱育黎拔力八达对近在手边的皇位难免有垂涎之心，但他的兄长、真金嫡传中“次序居长”的海山这时已踌躇满怀地从阿勒泰军营返抵和林，在那里大会诸王勋戚，接着又分三路率领大军南下，来与“宗亲毕会”。是年夏，海山会爱育黎拔力八达母子于上都，接受宗王勋臣“推戴”，即位为新汗，他就是武宗。
武宗入都前“捍御边陲，勤劳十年”的经历，赋予他个人性格的塑造以最后的影响。他在位的三年半，专从对贵族官僚“溥从宽大”、滥封泛赏的角度去加倍发挥成宗的“惟和”国策。对诸王勋戚从优颁发朝会赏赐，致使给者未及半而两京府库空虚。获得“遥授”职衔而佩相印的人以百数计，甚至宫廷演员、贩肉卖酒的人、和尚道士都有授予中枢政要职衔的，称国公、司徒、丞相者相望于朝；朝廷有大事，诏告尚未脱稿，“奸民已复群然诵之”。官僚机构的膨胀和吏治的腐败，最终的受害者是广大民众。武宗像前两任大汗一样，重用回回大臣主持理财大事，虽然使长期存在的慢性财政危机获得缓解，但势家权要侵贪蔽占、征敛横出，种种负担都落在一般民众的身上。
《元史》的编者写道，武宗一朝，“至元（忽必烈年号）、大德（成宗年号）之政，于是稍有变更云”。就社会关系逐渐恶化而言，这样说似乎有一定的道理，但就元朝统治体制来说，成宗和武宗基本上是延袭忽必烈蒙古法和汉法相参并用的格局而少有变动。恰恰是在武宗之后，元代政治中进一步汉化的趋势明显增强。它最初似乎表现出冲破前代的体制格局从而使制度一新的迹象，但随着各种政治势力之间的反复较量，最后却演变为一系列粉饰“文治”的行动。
在元武宗千里迢迢赶到漠南，登上皇弟为他预备的皇位后，就把爱育黎拔力八达立为“皇太子”，约定“兄弟叔侄，世世相承”。旧历正月似乎是对元朝诸帝很不吉利的月份。武宗在即位后的第四个年头（1311）正月病死，爱育黎拔力八达终于熬过刻意韬晦的“潜龙”岁月，即位为帝。他后来以“崇文右儒”而获得“仁宗”的庙号。他先后建立过“皇庆”（1312～1313）、“延祐”（1314~1320）两个年号。皇庆、延祐时期以用汉法进一步改革元王朝体制而著称于世。
但是，仁宗的改革实际上在延祐中叶差不多就停止了。就像他的哥哥海山一样，现在轮到仁宗为推翻兄弟叔侄相继的前约而煎心焚内了。为换取母后答己和权相铁木迭儿对他立嫡子硕德八刺为皇储的支持，仁宗后期几乎完全放弃了锐意于“安百姓以图至治”的初衷。又是一个旧历正月（延祐七年正月），被顺利传子的迫切愿望搅扰得身心疲惫的仁宗死于大都，年36岁。硕德八刺即位，是为英宗。
少年英宗是元朝历帝中没有受任何困厄体验就临朝执政的惟一一人。他在聚集起足够强大又可以信赖的政治势力之前，急于推行孤家寡人式的新政来贯彻他所仰慕的儒家学说。虽然几乎处于“孑然宫中”的境地，未经磨炼的刚愎之心和偏隘的个性却促使他走向果于刑戮以实现个人意志的极端。不出三四年，由于引起全部蒙古上层的普遍怨惧，英宗最终被权臣刺杀在行帐里。
仁、英二朝推行汉法的中心，都是以加强皇权，来抑制诸王贵戚基于蒙古旧制而获得的权益；以儒术澄清吏治，来强化官僚君主制下的政治运行程序。但是蒙古宗亲和军事集团成员心目中的大汗角色，与中央集权制下中原王朝的皇帝角色有极大的差别。在当时情形下，大汗企图仅依靠汉地的政治文化资源强行将蒙古种人集团纳入中原王朝的君臣体制，这显然是十分困难的。仁宗因为别有所求而中途妥协，所以还能善终；英宗锐气过盛，结果在危机似乎已进入余波时惨遭杀身之祸。
英宗被刺后，真金长子甘麻刺的次子、镇守漠北祖宗故地的晋王也孙铁木儿，在“其余争立的哥哥、兄弟也无有”的情形下，被蒙古的宗亲勋贵拥戴为新汗，史称泰定帝。帝位异常顺利地从真金次子答刺麻八剌系转到甘麻剌系，既是因为晋王具有“宗盟之长”的地位，并且重兵在握，也因为具有蒙古本位倾向的“迤南诸王大臣”对仁宗和英宗牺牲他们既得利益来推行汉法的行为深为不满。也孙铁木儿个人历武、仁、英三朝，“不谋异心，不图位次，依本分与国家出力气行来”，在蒙古上层中口碑应当说也比较好。
也孙铁木儿在元朝最高统治集团刚刚经历了一次重大变故的情形下君临天下。他在位期间自然灾害频仍不断。西北连年雨雹、地震，其影响达于荆湖北部地区；东南从浙西到苏北沿海屡次发生海溢：华北则时而雨雹山崩，时而蝗旱。也孙铁木儿先建元泰定，末年又改年号为致和，表明他的国策又回到以惟和来求稳定的着重点上。在竭力弥平蒙古、色目贵族怨情的同时，泰定帝也注意到笼络汉族大臣以增强元王朝的合法性。过去被冤杀和流放的御史台官员，死者获昭雪，生者召还录用。英宗朝的汉族老臣或受“三老”尊礼，或得常朝免拜跪。许乘小车至殿门下。由名儒向皇帝进讲儒术的作法，在泰定元年（1324）正式发展成为经筵制度。南方名儒吴澄在他的文集中留下一篇为泰定帝执经进讲的白话文讲稿。其中这样写道：
“大概天地的心只要生物。古来圣人为歹人曾用刑罚来。不是心衷欢喜做来。孟子道：‘不爱杀人的心厮似。’前贤曾说这道理来。只有汉高祖省得这道理来，汉家子孙四百年做皇帝。我世祖皇帝不爱杀人的心，与天地一样广大。比似汉高祖不曾收服的国土，今都混一了。皇帝依着祖皇帝行，可万万年太平也者!”
然而，虽然有这些虚崇儒术的措施，与汉人儒臣们在仁、英两朝的高涨情绪相比，他们在泰定帝治下始终怀有一种难以言状的受挫感，大多数人的政治态度是消沉的。
致和元年（1328）七月，泰定帝在上都度夏期间病死。他年幼的长子阿剌吉八早在五年前就已立为皇太子。但在八月初，钦察部出生的高级军事将领燕铁木儿，以迎立武宗“圣子”为号召，在大都拘捕异己，公开发难。拥护阿剌吉八的上都军和大都军队之间遂挑开战幕；翌月，阿刺吉八和武宗次子图帖睦尔分别在两都被推戴为大汗。元代汗位之争至此发展到全国性的内战和不惜以暗杀手段来推动骨肉相残的地步。
孙铁木燕铁木儿是元武宗镇守阿勒泰山边地时最宠信的钦察战将床兀儿之子。武宗赴上都即位时，他以宿卫身份随驾南来。泰定帝朝，燕铁木儿不仅直接掌握左卫亲军和由族人组成的钦察卫侍卫亲军，而且以佥枢密院事总环卫事，有权调度保卫京畿的其他宿卫军。所以他能顺利举事，迅速左右大都局势。由武宗带来的漠北旧部子女中，不少人在仁、英两朝受到冷遇。燕铁木儿声称要把帝位夺归海山系，在当时颇有响应者。支持大都最得力的河南行省首脑伯颜（与平宋主帅伯颜不是同一人），就铁心拥戴“吾君（指海山）之子”图帖睦尔，亲自勒兵护送他北上。伯颜不仅献出本省财赋，而且还截留了东南诸省经河南北解的“常赋”，一起供给大都。站在大都一边的还有湖广、江西等省。
公开支持上都的，除辽阳而外还有陕西行省。两都之战开始时，上都方面分兵四路。其中三路分别叩击居庸关、古北口和辽东迁民镇（今山海关）；另一路绕行山西，再向东回攻紫荆口，大概带有与陕西军队互相接应的意图。这种用多头进攻撕开拱卫大都的前方防线、进而对之实施包围的战略，对一时无法从南方省份调集足够兵力的大都集团确实是一种严重的威胁。但是，把兵力分散在长城一线东西千余里的上都军队，如果各自为战，互相间缺少配合和呼应，也很容易被集中相对优势的大都军队各个击破，从而使全线攻势陷于瓦解。
燕铁木儿似乎敏锐地看到了这一点，所以除分出一小部分兵力把守长城诸关隘以外，他将最能作战的主力集中在本人直接指挥之下，在40天时间内，东西奔突、迅速转移近十次，往返转战于最需要增援的那些战略要地。到了十月中旬，上都军虽曾有不止一次逼近大都城下的战迹，四路进攻却被悉数击溃。随着形势的渐次明朗，部分持观望立场的驻牧辽东的东道诸王很快倒向大都，起兵进围几近空城的上都。上都集团首脑或遁或降，阿刺吉八去向不明。十一月中，转战于山西、河南的几支关陕军队也先后在大都招谕下罢兵撤还。
铁木迭儿踩灭了两都之战的余烬，但帝位的归属问题仍使他心烦意乱。武宗有两子。长子和世依叔侄相继原则本应是仁宗的帝位继承人，却在仁宗逼迫下出京，后来流亡到西北察合台后王领地；次子图帖睦尔在泰定帝死时出居江陵，在燕铁木儿发难当月到达大都。出于“人心向背之机，间不容发”的形势，图帖睦尔立即在大都称帝，改元天历，并声称“谨俟大兄之至，以遂朕固让之心”。上都克复后，图帖睦尔迫于元仁宗在大德末年“推奉圣兄，谦居储贰”的前例，遣使往迎和世。
和世怀着乃父当年同样坚定的信心飘然从察合台封地启程，抵达和林后，便经随行的察合台宗王和漠北诸王、大臣合议，匆匆宣布即大汗位，史称明宗。他忘记了自己的父亲是以阿勒泰山前线统帅身份、藉三万精兵相扈从的强大武力为后盾而取得帝位的，而他本人却只有1800名贴身卫士。和世对此毫不经心，任情举措，结果被迫付出致命的代价。
天历二年（1329）四月，携玉玺北迎和世的燕铁木儿至大汗南下的行帐入觐。和世对他虽然有所封授，却削去了他手中的大部分兵权，同时对与自己一起流亡草原的亲信旧人大加委任。很明显，如果和世临朝，燕铁木儿很难会有君恩独厚的际遇，随和世入朝的新贵必定要分享由他出生入死才争得的胜利成果，甚至将他排挤到权力集团的边缘。他不愿接受这样的命运。而对图帖睦尔来说，一经即位为帝，原先的“固让之心”也很快销蚀，处在进退两难的矛盾心情之中。于是，“武仁授受”的正剧在第二次排演时变成了一场血淋淋的闹剧。
八月初，和世和图帖睦尔相会于连接大都与上都的驿路之上的旺忽察都行宫（在今河北张北县境）。不满五天，明宗“暴崩”。图帖睦尔“入临哭尽哀”，而后立即在燕铁木儿簇拥下，拥皇帝宝玺驰还上都，在那里再次匆忙即位，是为文宗。
天历年间连续两次重大变故，使蒙古、色目上层人心离散。忽必烈朝以后，蒙古高层内部的躁动不安，以文宗朝为甚。文宗本人在天历之变中涉嫌太深，所以也不便像泰定帝那样通过“诛逆”来收拢人心。这就迫使他完全倒向燕铁木儿，在朝中养成以这个颇具才干的独夫为核心的同气相求的权力小集团。燕铁木儿前后娶宗室女40人，纳泰定帝妃为夫人。文宗甚至把自己的儿子也寄养在他家里。天历年间也是一个气温偏低、自然灾害严重的时期。
由于政治气候和经济环境的限制，文宗临朝的四年，只好专意于追求一种振兴“文治”的表面效果。他在皇宫内收藏文物书画、图书宝玩的奎章阁设学士院，搜罗天下名士，聊备问对，入侍燕闲。奎章阁学士们不是治国平天下的君主政治智囊团，不过是一批才识超诣的“文学之士”而已。为了“示治平之永则”，文宗朝对大量的政府档案进行了系统的整理、编排、删削润色，纂修了一部大规模的官颁政书《经世大典》。
在旺忽察都“隐亏天伦”的行迹，给元文宗的心理蒙上了一层终生卸不脱的阴影。至顺三年（1332）夏他死于上都，皇后不顾燕铁木儿的坚请，“导扬末命，申固让初志”，执意要把帝位传给和世的儿子。和世长子妥懽帖睦尔当时出居静江（治今广西桂林）；次子懿磷质班时年7岁，在京师。燕铁木儿急于立幼，遂拥立懿磷质班即位，史称宁宗。这个小皇帝即位后五十余天病死。燕铁木儿再次建议拥戴文宗之子燕帖古思，仍被文宗后拒绝，不得已乃迎妥懽帖睦尔到京。但迁延数月不得立。恰巧这时燕铁木儿因纵欲过度溺血而死。妥懽帖睦尔才顺利即位。36年后，朱元璋派遣的北伐大军进逼大都，妥懽帖睦尔仓促出逃，翌年因痢疾死于应昌（故址在今内蒙克什克腾旗西达来诺尔附近）。元代流亡政权这时处境狼狈，所以他没有庙号；明政府以其“知顺天命，退避而去”，给予他“顺帝”的称号。此后作为蒙元王朝的一个继承国家，“北元”政权在蒙古草原还存在了很长一个时期。
在它的最后几十年中，元政权的积弱之势日益凸现。元代后期蒙古、色目各族受汉文化影响的程度迅速提高。自1340年代后，高层蒙古、色目官僚集团争论军国大事时所使用的，差不多全是儒家政治的语言，但这种情势似乎反而刺激起统治层内种族认同和种族防范意识的强化。仁、英二朝之后，汉人、南人官僚层中普遍存在的被朝廷疏离的心理状态一直积重难返。顺帝初权臣伯颜要杀张、王、刘、李、赵五姓汉人的臆想虽然虚妄愚蠢至极，但它无形中极严重地销蚀了元王朝君临汉地社会的合法性。顺帝采选宫女的消息在江南民间引起待字闺女争相出嫁的社会骚动，说明一种深刻的社会焦虑和不信任感正在全国弥漫。元顺帝好玩弄权术操纵臣下，导致上层官僚集团的政治意志麻木懈怠。吏治的腐败成为整个官僚系统的通病。经历过那段艰难时世的人评论说：“及元之将乱，上下诸司，其滥愈甚。”
至少在顺帝朝前半期，元政府仍然具有动员相当巨大的资源直接干预社会经济的能力，可惜它所从事的两项大规模行动，即变钞和开河，都没有取得预期的积极效果。“开河变钞祸根源”成为当时流传最广的一句民谣。至正十一年（1351）发行新纸钞“至正交钞”和新钱币“至正通宝钱”，用新钞使在民间行用已久的至元宝钞自动贬值。大量发行新币导致“物价腾踊、价逾十倍”的通货膨胀，以至所在郡县以物货相易。变钞没有改善国家财政状况，反而使政府信誉和社会金融状况蒙受巨大损失。
牧童放牛图1330年代以后。夺淮入海之前的那一段黄河河道，在今河南北部、山东西南部发生剧烈的由南向北的摆动。至正前叶，河溢造成的白茅堤决河和金堤决河，已清楚地显示出黄河干流北移的形势。河患危及元朝漕运的生命线即大运河以及山东沿海的盐场，大片地区的农业遭到严重破坏，岁饥民贫，所在盗起。至正十一年，元廷经过几年犹豫，定议用贾鲁治河。采用辟地凿沟和疏浚旧道的方法，将北摆的河道勒回南方，接入故道，由淮入海。治河共动员民夫、军队近20万，经八个多月完工。至正十七年以后，黄河干流又始而北摆，改由今渤海湾入海。所谓北河绝流、故道复通，终于落空为治河派主观上的良好愿望而已。不仅如此，开河之役正好为元末农民起义的发动者提供了动员上的便利。
即使在农民起义爆发之后，元朝的灭亡似乎仍未成为必然的结局。到至正十四年，元政府在对各地农民军的镇压中差不多取得了完全的主动。泰州盐贩出身的张士诚被脱脱统率的百万元军团团围困在高邮城内，天天讨论投降的事。正在这时，顺帝突然下诏解除脱脱的兵权和官爵，将他就近安置淮安路。在高邮城指日可克的形势下临阵易帅，使围城的百万之军不战而人心自溃。张士诚反败为胜。从这时起。元政权真正进入江河日下的颓势，而农民军中的朱元璋则逐渐由弱而强，并灭各支反元势力，北伐中原，于1368年定国号为明，成为取代蒙元统治中国的新王朝。
