焚书坑儒
秦始皇称帝前，用了十年时间，完成了中国历史上第一次统一大业。他在帝位十二年，又采取了整齐制度等一系列措施，对巩固秦统一具有一定意义。然而秦始皇在政治、经济方面所进行的改革并不是一帆风顺的，早在公元前221年称帝之初，在建立国家体制问题上就曾发生过一场争论，最后采纳李斯意见，在全国确立了郡县制，但政治思想方面的斗争并未因此终结。
秦始皇三十四年（前213），始皇置酒咸阳宫，博士七十人前为寿。在宴会上，仆射（音叶）周青臣颂扬始皇功德说：“他时秦地不过千里，赖陛下神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服。以诸侯为郡县，人人自安乐，无战争之患，传之万世。自上古不及陛下威德。”始皇听后十分喜悦。可是复古派、博士齐人淳于越，却站出来反对周青臣的颂词，再次提出恢复殷周分封制的主张，他说：“臣闻殷、周之王千余岁，封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒（同“猝”突然之意）有田常（齐世卿，杀简公）、六卿（晋国智、范、中行、韩、赵、魏，共分晋）之臣，无辅拂（通“弼”，辅弼即宰相），何以相救哉?事不师古，而能长久者，非所闻也。今青臣又面谀以重陛下之过，非忠臣。”
秦始皇听后，未置可否，将两种不同意见交臣下讨论。针对淳手越反对郡县制的主张，丞相李斯指出，古今时代不同，治理的方法也不同。他说“三代之事，何足法也”?接着就将矛头对准“诸生”，说这些儒生“不师今而学古，以非当世，惑乱黔首”，“道古以害今”，如不加以禁止，则“主势降乎上，党与成乎下”，统一可能遭到破坏。
于是他向秦始皇提出如下的建议：史书非《秦纪》皆烧之。博士官可藏《诗》、《书》、百家语，除此外凡天下有私藏者，一律限期交官府销毁。有敢偶语《诗》、《书》者弃市；有以古非今者族；吏见知不举者同罪；令下三十日不烧者，黥为城旦（四岁刑）。所不去者，医药、卜筮、种树之书。严禁私学，有愿学法令者，以吏为师。秦始皇采纳了李斯的建议，并付诸施行。
秦始皇在统一中国后，极力寻求长生不老之术，一些方士即投其所好，骗取富贵。秦始皇二十八年（前219），巡行至东方齐国故地，有齐人徐市（音福）等上书，“言海中有三神山，名曰蓬莱、方丈、瀛洲，仙人居之。请得斋戒与童男女求之”，于是“遣徐市发童男女数千人，入海求之”。因事本虚妄，徐等乃谎言：因风“未能至，望见之焉”。秦始皇三十二年（前215），又巡行至碣石（河北乐亭西南），又派燕人卢生去寻求仙人，继而又令韩终、侯公、石生等去求仙人及不死之药。卢生等当然无处寻觅仙人与仙药，于是向始皇献伪造《录图书》（如后世谶纬之书）曰：“亡秦者胡也。”始皇遣将军蒙恬发兵三十万人，北伐匈奴（当时称匈奴为胡）。秦始皇三十五年（前212），卢生又说始皇“微行以辟恶鬼，恶鬼辟，真人至。愿上所居毋令人知”，然后“不死之药殆可得也”。始皇帝果真照办，但不死之药仍不可得。
秦法规定：所献之方无效验者，就要处死。卢生便与另一方士侯生相谋：始皇如此专断暴戾，“以刑杀为威”，博士“备员弗用”，“未可为求仙药”，于是乃亡去。始皇大怒曰：“吾前收天下书不中用者尽去之；悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。今闻韩众（终）去不报，徐市等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等，吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。”
这时，方士卢生早已逃去。始皇鉴于方士对他的欺骗并勾结儒生暗中诽谤其“贪于权势”，“刚戾自用”，便派御史案问在咸阳的诸生，诸生互相举发，始皇亲自圈定四百六十余人以“为妖言以乱黔首”的罪名加以逮捕，皆坑杀，“使天下知之，以惩后”。“益发谪徙边”。始皇长子扶苏劝谏始皇：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。”始皇怒，使扶苏至上郡（今陕西榆林东南）监蒙恬军。
秦王朝对于怀有复古思想的旧贵族（儒生），在这次坑杀和流徙之后，接着又有第二次、第三次的大屠杀。始皇“又令冬种瓜骊山，实生，命博十诸生就视。为伏机，杀七百余人”。其后二世时，又以陈胜起，召博士诸生议，坐以非所宣言者，又数十人。马端临对此发为议论说：“然则秦之博士弟子，非惟不能考察试用之，盖惟恐其不澌尽泯没矣。叔孙通面谀，脱虎口而逃亡，孔甲（即孔鲋，孔子的八世孙）持礼器，发愤而事陈涉，有以也哉”。
秦始皇焚书坑儒对于先秦古文献的保存和学术的传授，造成巨大损失，但是秦始皇并未达到其“燔灭文章以愚黔首”（鲁迅语）的目的。当时民间私藏书籍仍不少，《诗》、《书》所以复见者，多藏人家，而史记独藏周室，以故火。惜哉!惜哉!而不少儒者，或者隐逸山林，皓首穷经，如伏生（原为秦博士，治《尚书》，秦焚书，伏生壁藏之，汉文帝诏太常，使掌故晁错往受之）、田何（今文《易》学的开创者）、浮丘伯（治《诗经》的学者）等；或者怀抱志气，等待时机，如孔鲋及鲁国诸儒；或则隐姓埋名，致力于反秦运动，如张良、陈余、郦食其、陆贾等，即是最好的说明。
