集权与分权：良苦的用心
为了使秦王朝的军政大权能操纵于一己之手，实行皇帝的个人独裁，同时又要让政府部门各司其职、有效地运作起来，以加强对国家的管理，秦始皇对如何集权、又如何分权，颇下了一番苦心。
其中，他对相权、兵权以及司法权，进行了独到的处置。于此，最能看出秦始皇是怎样加强君主专制的。
丞相，秦时或称相邦、相国，他的职责是“掌丞（丞：帮助、辅佐）天子，助理万机”，是皇帝以下最重要的官职。有“百官之首”之称。
秦国的丞相最早出现于公元前309年（秦武王二年）。在此之前，史籍中虽有“商鞅相秦”（《汉书·地理志》引孟康注）一类的记载，但此“相”并非官名，像商鞅担任的是“左庶长”、“大良造”。自武王任甘茂、樗里疾分别为左、右丞相以后，丞相才在秦国成为正式的官职。
自设丞相以后，秦国的一些国君就将军国大事全部委于丞相，以至出现了像魏冉那样擅权的丞相。吕不韦为相国，也是总揽一切军政大权。所以，君权与相权之间既存在着互相依赖的一面，又存在着矛盾的一面：皇帝要依靠丞相处理政务，但丞相又最容易侵犯和削弱君权。
这一点，秦国在初置丞相时就已意识到了，所以它设了左、右二相，其目的就是要分散相权，便于国君控制。但是，以后的事实证明，以这种方法分散相权，尚不能解决君权与相权之间的矛盾。
秦始皇总结了历史经验，进一步缩小相权。
1在统一后的秦王朝，丞相仅系文官之长，武事由“三公”之一的太尉掌管（其实此职并未委以任何人，见下）。太尉与丞相地位相等，同由皇帝颁予“金印紫绶”（任官授印，免官时缴印。印及缚印的绶带，因官职的高低而有所不同）。
2以御史大夫分割相权。列于“三公”之一的御史大夫。原为秦国无，系秦始皇参照六国官制在统一后所设。御史大夫地位低于丞相（“银印青绶”），但他掌监察，又参与处理朝政，对丞相起到了牵制作用。
3用博士侵削相权。秦王朝博士的地位和作用向来为人们所忽视。其实，博士在秦的政治生活中常发挥重要的作用。这些类似于顾问和智囊的人物，经常活动在始皇的左右，发表各种议论。由于秦始皇特别迷信，所以对“通古今”的博士也就格外信赖。秦始皇二十六年“初并天下”，令朝臣议帝号时，丞相、御史大夫、廷尉“与博士议”（《史记·秦始皇本纪》）后才向上回奏。始皇三十四年“焚书”时，博士是惟一有权读禁书的人。所以，博士以其特殊的地位和放谈各色言论，影响始皇，影响朝政，从而在事实上构成了对相权的一种侵削。
秦始皇不仅在官制上制约相权，在平日里也对丞相存有戒心。有一次，秦始皇到梁山宫，从山上见到李斯的车骑仪仗很是隆重，就表示不满。谁知道这话后来传到了李斯那里，李斯立刻削减车骑。当秦始皇再次见到李斯的车骑仪仗时，发觉已经减少了，马上意识到是有人向李斯泄露了自己说的话，就下令将当时在场的人全部处死。
秦王朝的兵权，理论上是交给太尉执掌的，然而事实上，秦的太尉形同虚设。据考核，秦代未发现有一人担任太尉之职，在重大军事行动中也从不见有太尉出场。秦始皇始终亲自控制着兵权。
此外，秦始皇又有意抬高廷尉的地位。廷尉为秦王朝最高司法官，深受法家思想影响的秦始皇，赋予廷尉很大的职权，以此威慑百官。如秦始皇二十六年，李斯身为廷尉就能同丞相王绾、御史大夫冯劫一起，向秦始皇“上尊号”。由于地位显赫，所以后来当王绾提出分封皇子之议时，李斯能够站出来予以斥责。
秦王朝的“三公九卿”制。确立了古代中国的一种分权原则，比如，有人将设丞相、太尉、御史大夫喻为中国的“三权分立”。但是要注意，这种分散的权力最后又都集中到皇帝一人的权力之下。分权，是为了让百官公卿通过互相牵制，更好地服务于皇权，所以也就是为了更好地集权。
