商鞅第二次变法
公元前352年，秦孝公任商鞅为“大良造”。此为秦爵十六级，相当于丞相兼将军。两年后，秦把都城从栎阳迁至咸阳（今陕西咸阳）。同年，商鞅着手实施第二次变法，主要是进一步从经济和政治上进行改革，内容包括：
1废井田，开阡陌，承认土地私有
商鞅下令废除西周以来盛行的土地制度——井田制，开掘井田的“封疆阡陌”。所谓“封疆”，就是指各级贵族所占有的井田界限，这些界限是用土堆、沟地、树木等连接而成的。所谓“阡陌”，就是井田中间与灌溉渠道相应的纵横道路。同时，承认地主和自耕农的土地私有，允许土地买卖，按土地多少抽税。
2普遍推行县制，设置县一级的官僚机构
商鞅将许多乡、邑、聚（村落）合并为县，建置了41个县（据《史记·秦本纪》。而《史记·商鞅列传》作“三十一县”，《六国年表》作“三十县”），设有县令、县丞和县尉。县令是一县之长，县丞掌管民政，县尉掌管军事。他们都由国君直接任免。此举将全国的政权、兵权集中到了朝廷，建立起中央集权的政治体制。
3统一度量衡制，颁布度量衡的标准器
这是在公元前344年（秦孝公十八年）具体实施的。据研究，当时的标准尺，约合今2305厘米，标准量器约合今02公升。现存世的“商鞅方升”（藏于上海博物馆），就是当时颁布的一件标准量器。
4按户按人口征赋
此“赋”即以后俗称的“人头税”。商鞅规定按人口征赋，并严加惩罚隐瞒户口的“匿户”，这是为了限制官僚地主豢养食客的数目。商鞅又规定，一家有两个成年男子的必须分家另立户口，否则要加倍征赋。这是为了确立和鼓励一夫一妇为单位的个体小家庭经济，加快开垦荒地，扩大农业生产，提高劳动效益，并增加国家的赋税收入。从此，“田租”（土地税）和“口赋”（人头税）就成为中国古代社会两种重要的赋税制度。
5革除残留的戎狄风俗，禁止父子兄弟同室居住
秦国的西南和西北部原是少数民族居住区，后来秦又统一了其中不少的地区，因而秦人保留较多的戎、狄族的风俗。商鞅意识到这些落后的习俗，对统一中原极为不利，便提出移风易俗，按照中原的风俗，改革秦国落后的习俗，如全家人不分男女老幼同居一室等。
商鞅的第二次变法，进一步剥夺了旧贵族的特权，损害了他们的利益。他们对商鞅恨之入骨，欲置商鞅于死地，只是碍于秦孝公，才一时无可奈何。秦孝公二十三年（公元前339年），有个叫赵良的人，代表“宗室贵戚”去见商鞅。开始赵良劝说商鞅让位，继而又劝商鞅放弃酷刑，并公开诽谤秦国变法改制取得的成就。在被商鞅驳斥后，赵良又为一些受过惩罚的旧贵族鸣冤叫屈，并警告商鞅必须立即废除新政，否则“危若朝露”，死亡之日即将来临。商鞅毫不动心，义无返顾。
在商鞅对内实施变法的同时，秦军对外也积极展开军事活动，并取得了节节胜利。尤其是公元前340年（秦孝公二十二年），秦孝公听从了商鞅的计谋，一举击溃魏国公子印（音昂）率领的精锐部队，迫使魏惠王将以前从秦国掠去的河西地区（今山西、陕西之间黄河南段以西地区）归还给秦国。遭此失利，一度趾高气扬的魏国，转向走下坡路了。秦孝公论功行赏，提升商鞅为列侯，并把於（音乌，今河南内乡县东）、商（今陕西西商县）之间的15个邑封给他作为属地。商鞅、商君之名即从此而来。
