英国科学团体的建立直接受到培根思想的影响。建立一个《新大西岛》中所描画的所罗门宫，一直是英国实验科学家们孜孜以求的理想。17世纪40年代，在著名的科学活动家约翰·威尔金斯的倡导下，他们成立了一个学术团体，自称“哲学学会”。威尔金斯本人是一位牧师，一生主要从事神学研究，但他的《新行星论》宣传哥白尼的日心说，在英国起了很好的作用。哲学学会的会员有数学家瓦里士和波义耳等，他们主要在格雷山姆学院聚会。1646年，英国爆发资产阶级革命，克伦威尔的军队攻占了牛津。由于威尔金斯和瓦里士等人应邀到牛津大学任职，原来的“哲学学会”便分为两半。在牛津的这一支因为会员流动性大，加之骨干会员的迁居，结果不了了之；而伦敦的那一支却越来越发达，威尔金斯、瓦里士、波义耳、雷恩后来都到了伦敦。
1660年11月，著名的建筑师雷恩在格雷山姆学院召集了一次会议，倡议建立一个新的学院，以促进物理和数学知识的增长。威尔金斯被推为学院主席，并拟出第一批成员的41人名单。不久，复辟后的英国国王查理二世传话说同意成立这样的团体，但须由他任命领导人，结果他的近臣莫里爵士任会长。两年后，查理二世正式批准成立“以促进自然知识为宗旨的皇家学会”，并委任另一位近臣布龙克尔勋爵为第一任会长，威尔金斯和奥尔登堡为学会秘书，胡克为总干事。这些人都是学会早期的热情参加者和有才干的活动家。
学会一开始基本贯彻了培根的学术思想，注重实验、发明和实效性的研究。胡克在为学会起草的章程中写道：“皇家学会的任务和宗旨是增进关于自然事物的知识，从事一切有用的技艺、制造、机械作业、引擎制作以及实验发明（神学、形而上学、道德政治、文法、修辞学或者逻辑，则不去插手）；是试图恢复现在失传的这类可用的技艺和发明；是考察古代或近代任何重要作家在自然界方面、数学方面和机械方面所发明的，或者记录下来的，或者实行的一切体系、理论、原理、假说、纲要、历史和实验；从而编成一个完整而踏实的哲学体系，来解决自然界的或者技艺所引起的一切现象，并将事物原因的理智解释记录下来。”为了实现这样的目的，皇家学会设立了不少委员会，有机械委员会研究机械发明，贸易史委员会研究工业技术原理，以及各专业委员会如天文学、解剖学、化学等。实用科学特别是与商业贸易有关的科学知识，最为皇家学会所重视。
学会的机关刊物《皇家学会哲学学报》于1665年3月由学会秘书奥尔登堡独自出版。奥尔登堡是一位富商，在欧洲大陆有广泛的影响。《学报》主要刊登会员提交的论文、研究报告、自然现象报道、学术通信和书刊信息。第一批会员中的斯普拉特是威尔金斯的学生，他的《皇家学会史》出版于1667年，是珍贵的科学史文献。
皇家学会在培根思想的指引下，搜集了大量的实验事实、历史证据和奇异的自然现象，但没有在某一方向上做出开创性的贡献。这也说明了培根方法论的局限性。伽利略的科学思想一度在学会中占了上风，特别是在牛顿于1671年加入学会之后，学会对数学的重视变得显著。但总体上，皇家学会体现了典型的英国式经验主义风格。
皇家学会虽然有皇家许可证，但基本上是一个民间组织。它的经费主要来自会费和富商赞助，王室并不提供津贴。不过皇家确实出资建立了一个重要的科研机构，它就是格林尼治天文台。
