这个时期另一个重大的思想解放运动是发端于德国的宗教改革运动。整个中世纪，欧洲人的心灵被教会所禁锢，神恩、天启、权威的概念主宰着人类精神。然而，新时代日益深入人心的人文主义思想力图将人从神的统治下解放出来。宗教改革便是这种时代要求的反映。
在基督教发展的早期历史上，教会本来只是一般的宗教集会，后来才演化为一个权势显赫的组织。在整个漫长的中世纪，罗马教会不断扩充自己的领地，增加自己的财富，扩大自己的政治影响。直到公元11世纪，罗马教廷成了西欧至高无上的权力中心。这个权力中心虽然起着维系基督教文明发展的纽带作用，但它也日益腐败、僵化，到了文艺复兴时期，已明显成了时代前进的绊脚石。
点燃这场运动之引信的是德国教士马丁·路德。1517年10月31日，路德在德国维滕贝格教堂门口贴出了九十五条论纲，对由来已久的赎罪券问题提出了不同的看法。他认为赎罪券并不能赦免上帝的惩罚，而只能赦免教会的惩罚；它只代表教会的意见，而不代表上帝的意志。由于当时德国正在发行赎罪券，路德的论纲一出现，马上在全德引起反响。罗马教会方面亦反应十分强烈。发行赎罪券是教会收入的一个重要方面，反对发行赎罪券是在切断教会的财路。不仅如此，对赎罪券的攻击本身即是蔑视教会的权威。在随后的大论战中，路德进一步认识到，争论的要害在于罗马教会是否真正拥有至高无上的权威。他猛烈地抨击了罗马教廷，提出了宗教改革的思想。
路德的新教学说，即所谓的“因信称义”学说，主张信仰高于一切。唯有人心中有信仰，才能得救。至于对教会的服从，则是完全不重要的，因为教会乃是人为制造的，并不能真正代表天国的意志。路德以宗教的语言表达了那个时代人们心中自由、平等的观念，在基督教世界播撒着人文主义精神的种子。路德一改中世纪愤怒的上帝形象，使上帝成了可亲可敬的人类保护神，使人类与上帝和解，同时也使人与自然和解。自然界不再是此岸可诅咒的东西，而是上帝的杰作，是人应该予以关注的对象。对自然的兴趣与人的自我解放相伴而来。
