大翻译运动最重要的学术成果是产生了亚里士多德化的经院哲学。整个中世纪的哲学是神学的婢女，但哲学之所以作为哲学存在，表明人们仍然希望通过论证来支持教义，而不只是靠单纯的信仰。中世纪前期的哲学主流是所谓的教父哲学，由罗马神父圣奥古斯丁创立。教父哲学将柏拉图主义哲学与基督教教义结合起来，主张灵魂是实体，有独立的存在。大约在公元9世纪，教父哲学让位于经院哲学。所谓经院哲学，就是用推理的方式对基督教教义给出分析和解释。解释方式的不同引起了经院哲学家之间的争论。其中比较著名的争论是唯名论和唯实论之争。唯名论主张概念只是名称，没有实体，没有实在性；而唯实论主张概念也是实体，有其独立的实在性。从学理上讲，唯名论与唯实论之争实际上是柏拉图主义与亚里士多德主义之争的继续。
亚里士多德的思想一开始不为教会所欢迎。他那百科全书般的世俗知识，令人眼花缭乱。教会很害怕它们冲击神圣的信仰，因此曾在1210年、1219年和1230年三次发布禁令，禁止讲授亚里士多德的学说。但这些禁令无济于事。刚从蒙昧时期苏醒的人们渴望了解这位博学者的学识，渴望读到亚里士多德的著作。顺从这股民意和思潮，教会中杰出的人士开始尝试将亚里士多德学说与基督教教义相结合。他们中首先值得一提的是大阿尔伯特。这位德国学者曾在意大利的帕多瓦大学学习，之后来到巴黎讲学。他最先试图将亚里士多德的学说与当时占统治地位的经院哲学相协调。他的学生托马斯·阿奎那将这一工作推向一个划时代的顶峰。
托马斯·阿奎那于1225年生于意大利南部的阿奎那（他的名字应该读成“阿奎那地方的托马斯”）。1245年，他来到巴黎追随大阿尔伯特学习亚里士多德的理论，不久就因对亚里士多德的注释而声名远扬。在他的巨著《神学大全》中，托马斯成功地建立了一个将亚里士多德的思想与天主教神学相协调的思想体系。这一体系后来成了天主教教义的哲学基础，在哲学史上有着极为重要的地位。对近代思想来说重要的是，托马斯在神学研究中注入理性，将亚里士多德的逻辑学运用到对神学的解说上，为其他知识树立了理性的榜样，在实际上将希腊精神的火种传到了近代。尽管在具体内容上，近代科学最终与亚里士多德格格不入，但从天启信仰到理性判断这种思维习惯的转变无疑为近代科学的诞生准备了条件。怀特海曾评论说：“在现代科学理论发展以前人们就相信科学可能成立的信念，是不知不觉地从中世纪神学中导引出来的。”
