对近代欧洲科学发展产生积极影响的另一个事件是大学的出现。11世纪之前，欧洲的教育机构主要是教会学校。这些学校的主要职能是为教会选送神父和教士。后来，随着城市的兴起，也出现了一些世俗的城市学校，但它们的规模和课程设置都很有局限性。
最早期的大学与今日的大学含义大不一样。它实际上是教师和学生所组成的行会，属当时诸行业协会中的一种。这些行会自主管理，课程自行设置。与教会学校比起来，代表着更加自由和开放的近代精神。世界上第一所大学是1088年创立的博洛尼亚大学。它起初就是一个以讲授罗马法而著名的讲学中心，后来由学生和教师组成一个大学（行会），获得了政府颁发的特许状和某些世俗的特权。仿照博洛尼亚大学的模式，欧洲各地先后出现了巴黎大学（1160）、牛津大学（1167）、剑桥大学（1209）、帕多瓦大学（1222）、那不勒斯大学（1224）、阿雷佐大学（1209）、里斯本大学（1290）等。这些先后成立的大学，不仅有学生组织的所谓公立大学（如帕多瓦大学），也有教会开办的教会大学（如巴黎大学、牛津大学）和国王创办的国立大学（如那不勒斯大学）。大学成了欧洲学术活动的中心场所。
