例如，生物学家马丁·海森堡（Martin Heisenberg）发现，大脑的某些活动是随机发生的，它们并不依赖于外部刺激，比如说离子通道的开闭和突触小泡的释放。由此而言，我们的许多行为的确是“自我生成”的。海森堡认为这就是人类自由的基础。但是，这类现象如何能证明自由意志的存在？此处的“自我生成”只不过表明这样一个事实，我们的某些行为是起源于自己的大脑。
譬如说，今天早上我之所以决定喝第二杯咖啡，是源于神经递质的某次随机释放。那么，这种先决因素的不确定性，怎么能等同于意志的自由行使？显而易见，对于那些所谓的随机事件，我完全可以不负责任。而且，如果我的一些行为真的是出于偶然，恐怕连我自己都会因此大吃一惊。面对这些突如其来的神经活动，我的自由从何而来？
设想一下，如果你所有的行动、意图、信仰或者欲望都是这样随机地“自我生成”，你的人生将变成怎样一幅景象？你几乎完全没有属于自己的想法。你的人生完全受制于体内的生理活动，如同四处漂泊的不系之舟。然而，人类的行动、意图、信仰以及欲望之所以会存在，完全依赖于一个特定的系统，在这个系统中，人类自身的行为方式以及“刺激-反应”规律发挥着明确的作用。我们之所以能够与他人进行理性的交流，或者说，我们之所以能够理解他人的言行举止，都基于这样一个前提：他人的思想与行动必须以彼此认同的“共享现实”为轨道。而且，如果我们想要理解自己的行为，也同样离不开这个前提。因此从根本上说，海森堡所谓的“自我生成”的心理活动，完全否定了自我想法的存在。
此外，量子力学所特有的不确定性也无法为自由意志提供理论支撑：如果我的大脑是一台量子计算机，那么苍蝇的大脑也是一台量子计算机。你会认为苍蝇也拥有自由意志吗？量子效应基本上不会对生物体产生显性的影响，它们在进化过程中所起的作用，表现在宇宙射线和其他高能量粒子引起的基因点突变（这些粒子穿透细胞核的运动方式受到量子力学的支配）。因此从理论上说，进化本身似乎不可预知。但是，很少有神经科学家将大脑看成一台量子计算机。而且，即便大脑真是一台量子计算机，量子的不确定性也无法证明自由意志是一个合乎科学的概念。如果所有事情的发生都不依赖于事先原因，那么对于自己的任何思想与行为，我们都能一句话来为自己开脱：“我不知道自己为什么会这样。”
如果决定论的观点所述为实，那么未来的一切都是命中注定，其中包括我们所有的心理活动以及随后产生的各种行为。如果按照非决定论的观点，量子力学或者其他一些随机因素支配着世间的因果定律，那么我们就无须为发生的任何事情负责。在这两种观点之间，我们找不到可以与普遍流行的自由意志观念互相兼容的理论交集。
