最后，事情还可以更复杂，我们还发现了基因多效性（pleiotropy），这是指单一的基因可以导致多种效应。人类身上的一个典型的基因多效性的例子，是引起苯丙酮尿症（phenylketonuria，PKU）的突变基因，症状包括氨基酸苯丙氨酸（phenylalanine）过多、异常的苯丙氨酸代谢产物、酪氨酸（tyrosine）短缺、尿液颜色变深、毛发颜色变淡、中枢神经系统因中毒而受损伤以及心智的不健全。
由基因到它们所导致的特征之间，是个错综复杂到似乎不可想象的过程。但是，这些过程仍然可以理解。人类生物学未来所探求的，多半会是基因对身体和心理发展过程的影响。如果目前的研究依计划进行，在21世纪的头20年当中，我们将目睹人类基因组的完整序列，而且绝大多数基因都会被定位。尤其是，遗传形式也将是科学可掌握的。控制每一种行为特征的多基因数目是有限的，产生大多数变异现象的基因数目往往在10个以下。而单一基因所产生的多重效应也是有限的。一旦分子生物学家能够追踪基因所引发的一连串化学反应，而神经科学家也能够描绘出这些化学反应最终导致的大脑活动模式，那么从基因到特征的过程，将具备更完整的定义。
在不久的将来，人类行为遗传学将循着两个矛尖所指的方向前进。第一支矛是心理疾病遗传性的研究，第二支矛则是性别差异和性取向的研究。大众对这两类研究都具有强烈的兴趣，而且它们都具有一个优点：所涉及的过程具有明显的表征，因此很容易独立测量。它们也符合科学研究的主要原则：先找到一个可以申请到经费的主题，然后动用你能张罗到的所有方法加以分析。
尽管性别差异研究在政治上会引起纷争，却是一个特别多产的领域。心理学和人类学的文献在这方面已经有极丰富的描述；它们的生物基础也已部分为人所知，有所记录的包括：胼胝体和其他大脑结构，大脑活动模式，嗅觉、味觉和其他感觉，空间和文字能力，以及儿童时期的天生嬉戏行为。激素促成性别分歧，并导致以上特征在统计上的差异和重叠，对此我们已经有相当多的了解。在胎儿和儿童发育时期诱发制造这些激素的基因，也已经在Y染色体上定位了，称为“Sry”，代表Y染色体上的性别决定区域（sex-determining region）。当个体具有两个X染色体，而不是具有X和Y染色体时，Sry就不存在，而胎儿的性腺会发展成卵巢，并且相继引发内分泌和心理生理的发展。这些事实也许不能满足每一个人意识形态上的渴望，却是另一种陈述方式：不管我们喜不喜欢，人类就是一种生物。
