启蒙运动的自然神论和传统神学之间的争议可以概括如下。传统基督教的一神论是建立在理性思考和神所授予的启示上，这是两个想象所及的知识来源。根据这个看法，理性思考和神的启示之间不可能发生冲突，因为当两者相反时，神的启示总是占据较高的地位——当初罗马宗教法庭要求伽利略在正教教义和痛苦之间做出选择时，就是如此提醒伽利略的。相反，自然神论者赋予理性思考较高的制裁权，坚持一神论者要用理性思考来证明神的启示。
18世纪的传统神学家在面对启蒙运动的挑战时寸步不让。他们反驳，基督教信仰不能自贬身价，向理性测试屈服。永恒不灭的真理若没有神的协助，无法为人类的心智所了解。神会在它所挑选的时刻，以它所决定的方式显示这些真理来让我们了解。
既然宗教在日常生活上占有中心地位，一神论者对理性思考的反对态度似乎……嗯，似乎还算合理。18世纪的信徒在日常生活中同时相信理性推论和神的启示不觉得有什么困难。正因为实际上不存在任何迫切的理由需要相信一个新的形而上学，所以基督教神学家赢得了这场争论。这是启蒙运动第一次明显的挫败。
所以自然神论的致命缺陷并不在理性思考上，而在情绪上。纯理性的思考因为不造成流血，所以没有吸引力。把神秘的神圣感去除之后的宗教仪式，往往失去了情绪上的震撼力，因为参加仪式的人必须通过对更高权威的服从来满足对族群忠心尽力的本能需求。特别是在危险和悲剧性的时刻，非理性的仪式尤其重要。人类需要向一位不会犯错而且仁慈的神明屈服，这是无法取代的需求，而这样的献身屈从将带来救赎。同时，对一个不会灭亡的生命力给以正式的肯定，也是无法被取代的，而这样的信仰投入将带来“超然界”（transcendence）。因此大多数人都很希望科学能够证明神的存在，但不去度量它的能力。
自然神论和科学也无法伸展到伦理学的范畴内。辉煌的启蒙运动并没有达成它的承诺，产生一个有客观基础的道德理性思考。即使具备伦理前提的永恒世俗领域真的存在，启蒙运动时代的人们的知识能力却似乎太过微弱、太过飘忽不定，以至于无法指出这个领域的所在。结果，神学家和哲学家各自坚持既有的立场，一者要把决定权交给宗教权威，另者则以主观方式仔细推演他们所知道的自然权利。除此之外，他们找不到其他更合逻辑的做法。那些几千年来被宗教神圣化的教条，多多少少好像行得通，而且我们无论如何也没有时间把它完全搞清楚。人们可以无限延迟对天国（或天体）的沉思，但是对日常生活中的生死问题无法如此。
除此之外，还存在一个反对启蒙运动的纯理性原因，这个原因至今依然存在。假设启蒙运动支持者最狂妄的宣称是正确的，以致科学家真能够审视未来，并探知对人类最有利的行动方式，那么我们会不会掉入逻辑与预知命运的陷阱？启蒙运动的目标，就像之前的希腊人道主义，都具有普罗米修斯式的创新精神。这个运动所产生的知识可以将人类从野蛮的世界中解放出来，但也可能产生相反的结果。如果科学在制定不变的自然律时提出的质问，削弱了神这个观念，那么人类有可能因此而丧失既有的自由。也许世界上只有一种“完美”的社会秩序，而科学家真的能够寻得到——或更糟糕的，错误地宣称他们找到了。于是，像哈德良长城那样保护着人类文明的宗教权威将被破坏，紧接而来的将是极权主义意识形态下的野蛮行动。启蒙运动中世俗想法的这个黑暗面，在法国大革命中暴露了出来，最近也呈现在“科学的”社会主义者和种族主义者的法西斯主义中。
另一个令人担心的问题是：由科学所推动的社会，有可能会破坏神（或数十亿年的进化过程）在世界上建立起来的自然秩序。我们如果赋予科学太大的权威，它可能变成一个具有自我摧毁力的逆子。这个非神所创造的科技，其实是现代文化中一个极具威力且深得人心的形象。好莱坞的魔鬼终结者由金属制成，以微芯片控制，是一个与科学怪人雷同的恶魔，他们都报复性地摧毁他们的创造者，包括那些身穿实验室工作服、傲慢地预告科学将统治这个新时代的无知天才。暴风刮起，恶毒的突变物种四处蔓生，生命灭亡。国家之间以摧毁世界的科技互相胁迫。英国因为雷达的发展而在第二次世界大战中得以自保，但在原子弹轰炸日本之后，就连英国的首相丘吉尔也担心“科学闪亮的翅膀”将把我们带回石器时代。
