安德烈·维萨里1514年12月31日生于布鲁塞尔的一个医学世家。他的曾祖父、祖父、父亲都是宫廷御医，家中收藏了大量有关医学方面的书籍。维萨里幼年时代就喜欢读这些书，从这些书中他受到许多启发，立志要当一名医生。
他青年时代曾在法国巴黎大学求学，但是当时巴黎大学的医学教育还仍然处于中世纪精神的统治中，因此讲堂上，教授们还是因循守旧地讲授盖仑的教材，解剖的材料只是狗或猴子等动物尸体。并且不允许学生们亲自动手操作，导致理论和实践严重脱节。
聪明又好学的维萨里在自学的过程中就掌握了一定的解剖学知识，他一针见血地指出了盖仑解剖学中的错误和教学过程中的弊病，并决心改变这种现象。为了揭开人体构造的奥秘，维萨里常与几个比较要好的同学在严寒的冬夜，来到郊外无主坟地盗取残骨；或在盛夏的夜晚，偷偷地来到绞刑架下，盗取罪犯的遗尸。他专心地挑选其中有用的材料，然后精心地包好带回学校。回来后，又在微弱的烛光下偷偷地彻夜观察研究，直到弄明白为止。就这样，维萨里掌握了珍贵可靠的第一手资料。
但维萨里的这种唯物主义的治学方法和解剖学的成就，触犯了旧的传统观念，冲击了校方的陈规戒律，引起了守旧派的仇恨和攻击。学校当局不但不批准他考取学位，而且还将他的学籍开除。从那时起，维萨里被迫离开了巴黎。
后来，他有机会在威尼斯共和国帕都瓦大学任教，并于1537年12月6日获得博士学位。业余时间，维萨里开始写作计划已久的一部人体解剖学专著。经过五年的努力，1543年时年仅28岁的维萨里终于完成了按骨骼、肌腱、神经等几大系统描述的巨著《人体结构》。但这本书的发表引起了当时的解剖学家和医生们的震惊。宗教的书报检查机关严密地检查了他的解剖学著作，竟以荒谬的所谓的“根据”攻击维萨里。
维萨里不得不在《人体结构》一书出版的第二年，也就是在1544年，愤然离开帕都瓦来到西班牙，担任了国王查理第五的御医，度过了比较安宁的二十个年头。
但教会的魔爪仍不肯放过他。有一次，他为西班牙的一位贵族作验尸解剖，当剖开胸膛时，监视官说心脏还在跳动，便以此为借口，诬陷维萨里用活人作解剖。宗教裁判所便趁此机会提起公诉，最后判了维萨里死罪。由于国王菲里普出面干预，才免于死罪，改判往耶路撒冷朝圣，了结了此案。但在归航途中，航船遇险，年仅50岁的维萨里不幸身亡。
