人类非洲起源说虽然获得了很多学者的认同，但也并没有盖棺定论，它还要面临很多挑战。比如我国在近半个世纪也发现了大量有关人类演化的化石材料，中国学者正在积极建构中国古人类的演化体系，以挑战非洲起源论。
自20世纪50年代在云南开远发现古猿以来，70年代和80年代在云南禄丰和元谋又相继发现古猿化石，可分大小两种类型。有些学者认为大型者可谓西瓦猿型，小型者属拉玛猿型。拉玛猿作为人类远祖的论点其时在我国风行一时，所以有的学者认为人类远祖已在中国找到，便将小型古猿命名为“中国古猿”。
20世纪60年代，陕西兰田公主岭和云南元谋大那乌发现了直立人类型的蓝田人和元谋人，他们距今超出100万年，后者甚至达到170万年，成为目前已知中国境内最早的类人化石。但遗憾的是，元谋人化石目前仅限于两枚上内侧门齿，以及年代稍晚的一段胫骨，而在非洲发现的年代大致相同的却有完整的骨架。
自1985年起，在四川巫山县龙骨坡出土了一批早更新世哺乳动物化石，其中包含像人的一枚门齿和一段下颌残块，同时还宣称出土了有人工痕迹的石制品。一开始它们被部分学者鉴定为直立人型，后来国外学者介入，认为与直立人形态差异大，而与非洲的“能人”和“匠人”相近，并进一步测定了其年代为距今180万年以前，甚至超过200万年。20世纪80年代，我国有些学者在发掘和研究元谋西猿时，将之定名为“东方人”，并将其生存年代定在距今250万年前。而在同一地区的蝴蝶梁子发现的一具幼年头骨，鉴定为拉玛猿型，认为是人类的祖先，后来宣称在地层中也找到了“石器”，将之更名为“蝴蝶人”，其生存年代定为距今400多万年前，并进而构筑了“开远拉玛猿”——“禄丰拉玛猿”——“蝴蝶拉玛猿”（或“蝴蝶人”）——“东方人”——元谋猿人——昭通人（智人的早期代表）——西畴人、丽江人（智人的晚期代表）等相当完整的系列。鉴于此，有人提出滇中高原及其邻区是人类起源的关键地区。但遗憾的是，早在20世纪70年代后期，学术界已抛弃拉玛猿是人类远祖的观点。后经研究，所谓“蝴蝶人”的“石器”原来是天然石块；而“东方人”的石器，后来被证明是地表上拣来的，而且时代甚晚。
20世纪90年代，非洲出土大量早期人化石，并且这些化石构成了一个相当完整的演化体系，而亚洲地区出土的化石很难与它相提并论。古人类学的研究还表明：“东非能人”具有较大的躯体和较重的脑量，不仅已能制造工具，很可能还有较紧密的群体关系。加上古气候的变化，引起生态环境的变化和哺乳动物的迁移，由此带动了古人类群的迁徙。这些研究成果在20世纪90年代后期汇成“走出非洲”的假说。以色列的乌贝蒂亚、格鲁吉亚的德玛尼西、巴基斯坦的伯比山以及我国的“巫山人”诸遗址，均被看做是早期人类迁徙途中的遗迹。
我国的古环境条件还不错，已发现了丰富的中新世和上新世的古猿化石，但中国要挑战非洲起源论，就必须找出更多的早期人类化石，而且这些化石能建立一个比较完整的体系，使得非洲材料从属于这个体系才行。
