要说男人和女人的区别，还真是太多了。有些器官，男人和女人都有，但是它们的存在其实并没有很大的意义，比如上一篇文章中提到的乳头。而有些器官，却是男人和女人各自拥有的。比如说，女人有阴道，而男人没有，这是什么原因呢？
任何司空见惯、理所当然、不屑一顾的现象，一旦认真地追究起来，都会发现它们背后还有另一番天地，远非表面看上去的那么简单。
对于这个问题，笼统地说还是那句老生常谈，“一切生物问题都是进化问题”，而进化最主要的问题就是“如何用旧结构实现新功能”，阴道和尿道、肛门一样，都是身体内部通往外界的出口，而在陆生脊椎动物的鱼类祖先那里，尿道和性腺都开口在肠道末端，形成了一个消化、排泄、生殖三者共用的小腔，称为“泄殖腔”，在胚胎发育上非常节省材料。
在繁殖行为中，泄殖腔适用于体外授精，即双亲将生殖细胞一同排入海水，任其自由相遇。现代硬骨鱼仍然延续这种繁殖方式，但这是一件高度偶然的事情，很难保证繁殖的成功率。
在泥盆纪，鱼类逐渐成为海洋中的优势类群，发生了大范围的适应辐射，雄性鱼类也在繁殖竞争中出现了新的装备—越能将自己的泄殖腔凑近雌性的泄殖腔，就越能优先授精，获得越多的后代。那些泄殖腔周围有突起的雄性因此被自然选择相中，最晚到3.8亿年前，第一批能够体内授精的雄鱼出现了。
需要注意的是，有阴茎的小肢鱼并非我们的直系祖先，泥盆纪晚期登陆的脊椎动物并没有这样的构造，两栖类至今沿用着体外授精的方式。但随着脊椎动物在石炭纪向着内陆扩张，体外授精就成了巨大的阻碍：裸露的受精卵不能在干燥的环境中生存，没有稳定的水体就无法繁殖。
很显然，我们需要一根管子，这根管子大约出现于3.2亿年前，标志是一个称为“羊膜动物”的类群，包括了所有的爬行动物、鸟类和哺乳动物。通过体内授精让雌性产下带有羊膜的受精卵，给胚胎发育提供稳定的水环境，同时更加确定了后代的血统问题，给更加精细的哺育行为提供了可能，极大提高了后代的存活率，羊膜动物因此一步步统治了整个陆地生态系统。
但羊膜动物最初的阴茎仍然非常简陋，只是一条有沟槽的柱体，在未来进一步的演化中，羊膜动物的各个类群发展出不同的强化方式，或者退化了它。
人类生殖系统外观代表了哺乳动物纲真兽下纲的标准模式，同时也反演了相当多的进化历程：直到胚胎发育第四周，泄殖腔仍然完整存在；此后就在尿道和直肠之间出现一个“尿直肠隔”，将直肠从泄殖腔隔离出去，这在两性身上都一样，而且有巨大的现实意义：直肠内的排遗物对排泄系统和生殖系统都是强烈的感染隐患，最好彼此隔离开。
此时的排泄系统和生殖系统仍共同终止于一个“尿生殖窦”，而两性分化也从此开始：
在女性身上，尿直肠隔停止生长，生殖系统的开口下移到体表，以后发育为独立的阴道，便于分娩，这最终形成了尿道、阴道、肠道各自独立的外阴结构；在男性身上，尿直肠隔继续生长，并与尿道上方的生殖结节融合起来，最终形成了管状结构，但也把输精管埋在了深处，所以输精管必须借尿道通往体外，前列腺就位于两个管道的连接处。
另外，严密封装的管状结构延长了体外和体内的距离，有效降低了男性排泄系统和生殖系统的感染风险；女性为了分娩不得不缩短阴道，也因此付出了妇科感染频发的代价。
所以说，男人没有阴道是体内授精的副产品，为了形成阴茎而将生殖系统和排泄系统整体封装起来，但这也并非唯一的方式，后兽下纲（比如有袋类）和原兽亚纲（比如鸭嘴兽）没有演化出尿直肠隔，泄殖腔仍然存在，阴茎没有包皮，是生殖系统的专用通道。
