邦联各成员国之间的联系非常松散。在这一点上，德意志邦联有点类似于最初按照《邦联条例》（Articles of Confederation）建立的美国联邦。该邦联宪法的一个主要缺陷就在于其关于联邦议会（Federal Diet）的条款。几个成员国不愿意交出其任何主权，最终导致达成了一个协议，即所有最重要的事件的最终决议只有经过全体投票通过才能被邦联议会采用。这项条款所导致的不可避免的结果就是没有一项重要事务能够在邦联议会获得通过，这使得联邦议会在整个欧洲成为了低效的代名词。
邦联政府的另一大缺陷是就像最初的美国联邦一样，没有有效的机制来执行邦联议会的决议。这些决议仅仅等同于给这几个成员国统治者的建议，而这些统治者对这些建议根本不予理睬，除非它们能够和自己国内的政策和立场相同。
而真正使邦联体系无法运转的是邦联中存在着两个强大而又互相妒忌的国家——奥地利和普鲁士，双方都不愿意看到另一方在邦联事务中占据绝对的领导地位。两大劲敌之间，虽然普鲁士起初在名义上让奥地利居于领先地位——毕竟奥地利有着辉煌的过去，并在欧洲宫廷里享有极高的声望，但是在现实中普鲁士更强大一些。普鲁士的强大，主要在于其民族成分的单一，都属于日耳曼民族，这成为其人口的一大特点。而奥地利原本就脆弱，因为在哈布斯堡家族的统治下，大部分领土上的人口都非日耳曼族，他们逐渐成为这个国家的一部分，使其民族成分比较复杂。奥地利的大部分土地都位于德意志邦联之外，其中包括近2500万斯拉夫（Slavs）、马扎尔（Magyars）、意大利等非日耳曼人口。
普鲁士和奥地利帝国人口特点上的差异预示着他们截然不同的命运，奥地利逐渐走向衰落，而普鲁士则逐渐在德意志事务上取得领导权。
