共和国的很多工作很快就遭受了挫败。受尼罗河战役中纳尔逊摧毁法国军舰胜利的鼓舞和对督政府侵略的恐慌，欧洲的大国，包括俄罗斯——沙皇对法国将势力推进到东方尤为恼火，因为俄罗斯统治者一直把东方看作是他们的势力范围，组成了一个新的反法同盟。
战争在1799年初开始，在意大利、瑞士和荷兰同时展开。南方的战争对法国人来说是灾难性的。他们被赶出了意大利，几乎连法国南方的边境线都守不住。奇萨尔皮尼、泰伯利亚和帕登诺帕三个共和国被废除。
尽管法国军队在其他地区取得胜利，但是在意大利却遭受了沉痛的打击，这导致督政府失去了人们的支持。人们指责督政府出于嫉妒将拿破仑流放海外，而拿破仑才是唯一可以拯救共和国的人。混乱和分裂在法国各地蔓延。
法国国内局势动荡的消息传到了刚刚从叙利亚回到埃及的拿破仑耳中，他立即作出一个大胆的决定。在将埃及军队的指挥权交给亲信将领克莱贝尔（Kléber）之后，拿破仑乘船返回法国，一句意味深长的话透漏出他的意图，“法国由律师统治的时期结束了”。
拿破仑受到了法国人民最狂热的欢迎。绝大多数法国人在本能上感受到目前的紧急状况需要有一个独裁者。一些督政官加入拿破仑的阵营，与他密谋推翻督政府。在五百人议会那里受到了抵制，拿破仑率领一队掷弹兵将代表们赶出了议会。
法国大革命最终出现了他们的克伦威尔。拿破仑现在是法国的主人。法兰西第一共和国走到了尽头，被人们特别指称的法国大革命结束了。从这时起，法国开始了执政府（Consulate）和法兰西第一帝国（First Empire）的历史——这是一段拿破仑像太阳一样升起于奥斯特里茨（Austerlitz），而最终在滑铁卢（Waterloo）落下的生涯史。
