督政府表面上对拿破仑给予了热情的迎接，但他们内心深处却担心拿破仑会成为第二个恺撒大帝。他们决心让拿破仑承担一项法国境外的使命。这次任务是对英格兰进行他们一直在考虑的进攻。拿破仑认为这个任务难以实现，于是提出反对，不过他提议去征服埃及。这将使法国掌控东方的贸易，并将英格兰和其印度的殖民地隔开。督政府同意了这个建议。看到拿破仑从法国土伦港（Port of Toulon）起航前往埃及，督政府终于松了一口气。
躲过英格兰舰队在地中海上的巡逻，拿破仑在埃及登陆。金字塔已经进入法国军队的视野，但是他们受到了著名的马穆鲁克骑兵的顽强抵抗。拿破仑发表了最为欢快的演说来激励士兵的斗志。他指着金字塔高呼：“士兵们，4000年的历史正在注视着你们。”接下来的战斗在历史上被称作“金字塔战役”（Battle of the Pyramids）。拿破仑赢得了胜利，打开了通往开罗的道路。他刚刚进入开罗城就接到了他的舰队在尼罗河口被英国海军上将纳尔逊（English admiral Nelson）摧毁的消息（1798年8月1日）。
1799年春，奥斯曼土耳其政府派军队重新夺回埃及，拿破仑率军进入叙利亚与土耳其人交战。最终，他包围了阿卡（Acre）。土耳其人在守卫阿卡的过程中得到了著名的英国海军准将西德尼·史密斯（Sir Sidney Smith）的援助。拿破仑希望迅速拿下阿卡的努力化为乌有。后来拿破仑说：“我在阿卡错过了自己的命运。”夺得叙利亚的阿卡港，拿破仑便能效仿亚历山大，率领自己的士兵一直打到喜马拉雅山（Himalayas）脚下。感到失望的拿破仑放弃了对阿卡的围攻，带领军队回到埃及。
