就像古罗马共和国一样，英格兰共和国似乎从各种危险处境里积聚了力量。克伦威尔被任命为爱尔兰总督（Lord Lieutenant），率军前去镇压那里的保皇党人。依靠着“铁甲军”，克伦威尔迅速而恐怖地镇压了爱尔兰的天主教保皇党人。由于拒绝克伦威尔投降的要求，德罗赫达（Drogheda）被攻占后，三千守军被屠杀殆尽（1649）。其他被攻占城镇的命运也大致如此，但少了些许的血腥。克伦威尔自己曾描述过对待这些被俘守军的手段：“当他们投降的时候，军官们的脑袋都被敲碎，1/10的士兵被杀掉，而剩下的士兵则被用船运到了巴巴多斯。”克伦威尔对待爱尔兰人时的残忍野蛮是他的记忆中永远无法抹去的污点。
天主教的保皇党人被击败后，爱尔兰最好的土地都被没收，然后再被授予英格兰和苏格兰殖民者。这种确立新教徒在爱尔兰优势地位的方式在英国历史上被称作“克伦威尔式殖民”，但是爱尔兰人则愤恨地将之称为“克伦威尔的诅咒”。清教徒在爱尔兰的疯狂举动煽动了爱尔兰人仇恨的情绪，再加上之前英国殖民者对爱尔兰人的暴行，让爱尔兰人心中复仇的火焰熊熊燃烧，直到今天都没有熄灭。
