“君权神授”思想的历史值得追根溯源。在原始民族中，如早期的希腊人，我们发现国王就是以神授的权力——他是神的后裔——进行统治的。在古埃及，法老被看作是神性的共享者。在古代的朱迪亚，君主就是上帝任命的代理人。在罗马帝国时代，东部的臣民们就认为皇帝天生与众不同，他们修建庙宇来向“神圣的恺撒”致敬。
但是为了探究近代史上的“君权神授”的起源，我们只需回顾中世纪的教皇权力的建立。教皇就是以神授的权力进行统治的。所有教皇都认为自己的职位和权威是来自神明。但是当神圣罗马帝国皇帝与教皇产生分歧时，皇帝的支持者们提出了与“教权神授”相对的“君权神授”理论。但丁在他的《论世界帝国》（De Monarchia）中提出了君主权力的超自然特征，并认为君王的统治和教皇一样都是上帝授予的权力。后来到了14世纪，当神圣罗马帝国在实际上被教皇所摧毁，国王们开始反抗教皇，君王的支持者们自然开始倡导王权神授的思想。这就是这一理论的近代雏形。
最后，当宗教改革运动到来时，起而反抗的国家的世俗统治者与罗马教廷产生了更大的争执，“君权神授”理论开始广泛传播。当教皇将国王逐出教会并敦促教民反抗他们的君主时，保王主义的作家和牧师们响亮而又狂热地提出了“君权神授”理论并宣布任何对君王的不尊和反抗都是邪恶的行为。就这样，“君权神授”和完全服从君主的统治在人民的心中开始产生根深蒂固的影响。
