战争终于随着著名的《威斯特伐利亚和约》（Peace of Westphalia）的签订而结束了。这一重要和约的主要条款可以分为两个方面——领土和宗教。
关于前一条，这些条款在三个方向缩减了圣罗马帝国实际和名义上的领土面积。瑞士和尼德兰联邦从中分离出来，尽管这两个国家在过去很长一段时间里已经取得独立，但是并没有得到任何正式的承认。法国对洛林地区（Lorraine）的梅茨（Metz）、图勒（Toul）和凡尔登（Verdun）三个教区的管辖已经有大约一个世纪之久，现在得到了确认，整个阿尔萨斯地区（Alsace）除了自由城市斯特拉斯堡（Strasburg）外都落入了法国之手。
已经是海上强国的瑞典，又获得了德意志北部的领土——西波美拉尼亚（Western Pomerania）和其他地区，这让她因为控制了德意志境内三条重要河流——奥德河（Oder）、易北河（Elbe）和威悉河（Weser）——的入海口，而影响力大大提升。但是这些地区并不是把所有的主权都给了瑞典，它们仍然是德意志的一部分，瑞典国王通过与这些地区的关系而成为神圣罗马帝国的王公并在帝国议会中获得了席位。
帝国内发生了很多变化，其中一些变化是很重要的。勃兰登堡——未来一个伟大国家的核心——获得了大量的土地。她获得了东波美拉尼亚（Eastern Pomerania）和有价值的教会土地。
德意志的不同邦国——算上帝国的自由城市，数量超过400个——在战后变成了事实上独立于帝国权威之外的存在。继续存在的神圣罗马帝国不过是一个松散的邦联，德意志民族的统一被推迟到遥远的将来。
和约中关于宗教的条款比那些建立邦国边界的条款更为重要。天主教、路德派和加尔文派都被赋予了相同的地位。每个王公都有权决定自己的宗教来作为自己人民的信仰，拒绝接受国教的人将被驱逐，这些不奉国教者有5年的时间用于移居国外。这样的条款被称作王公们的“宗教改革权”，而臣民们的则被称为“移民权”。
这些就是著名的《威斯特伐利亚和约》中最重要的条款。200多年的时间里，它们成为德意志的基本法律原则，并且在欧洲各国之间实现了权力平衡。尽管法国的路易十四对这些条款有所异议，但是这些条款还是一直被维持到法国大革命时代。
