处死玛丽·斯图亚特，立即引来了西班牙“无敌舰队”向英格兰进攻。玛丽在临死之前把王位传给了儿子，并把英国王位赠给西班牙国王腓力二世。为了实现这些权利，为玛丽复仇，也是为了教训一下伊丽莎白支持尼德兰反抗西班牙，更是为了给欧洲的宗教改革运动以致命打击，腓力决心全力出战征服英格兰异端分子。腓力二世对作战计划精心准备，再三运筹。西班牙港口聚集了大量军舰，并在尼德兰（第624条）集合了大量陆上部队以配合海军行动。
教皇希克斯图斯五世（Sixtus V）鼓励腓力的军事行动，并认为这是一场圣战。最终，一支由130条舰船组成的舰队在大西洋上集结，从里斯本（Lisbon）向英吉利海峡进发。这支舰队规模之大，前所未有，号称“无敌舰队”。即将到来的危险在英格兰激起了所有英国人的愤怒。所有英国人团结起来，誓死保卫自己的国家。大敌当前，似乎让所有阶层都团结起来，贵族、农民、新教徒、天主教徒，同仇敌忾。天主教徒也许密谋让玛丽·斯图亚特登上王位，但是他们并不希望背叛自己的国家，将国土交到可恨的西班牙人手里。
1588年7月19日，无敌舰队首先被安排在山崖上的哨兵发现。无敌舰队以月牙形向英吉利海峡进发，在海面上排开的宽度达到了7英里。英国舰船大约有80艘，但是轻便的结构和迅疾的行动，再加上海军配备的精良装备，让他们面对笨重的西班牙舰队时占据了优势，几乎立刻就挡住了无敌舰队前进的道路，连续7天不断打击无敌舰队。一天夜间，当受损的无敌舰队停靠在加来（Calais）港口的时候，英国人（集中的舰船达140艘，大部分是小船，15或16艘为主力舰）在西班牙的舰队中间燃起大火，很多舰船被烧毁，并引起了极大的恐慌。第二天，霍华德（Howard）、德雷克和亨利·西摩尔爵士（Lord Henry Seymour）共同率领的英军向西班牙舰队发动决定性进攻，让本已遭受重创的无敌舰队雪上加霜。
西班牙人仓皇逃命，有人提议向北部逃窜，但是北部海上的暴风将很多剩余的船只在苏格兰和爱尔兰海岸拍碎。等到他们终于驶进港口的时候，战船只剩了不到1/3。
这场在英吉利海峡击溃西班牙无敌舰队的伟大战役被称作“英国的萨拉米斯战役”（Britain’s Salamis）；它像雅典的萨拉米斯战役一样揭露了专制帝国的虚弱和衰退，与此同时，它宣示了一个新的伟大国家的力量及其必然的崛起。无敌舰队的摧毁影响到的不仅是英国和西班牙两个国家，它标志着天主教和新教之间较量的转折点。它为天主教的反击设定了明确的限制，它不仅决定了英格兰会作为一个新教国家存在，而且也预示着新教尼德兰的独立并保证了或者至少有助于保证了斯堪的纳维亚和德意志部分新教的未来。
