天主教教徒并不是伊丽莎白统治时期唯一反对英国国教的人。还有新教不信奉国教派（Nonconformists）——清教徒派和分离派——都给女王的统治制造了同样多的麻烦。
清教徒（Puritans）之所以得名，是因为他们渴望比英国国教更加纯洁的信仰形式。这个称谓用在他们头上有点可笑，但是其中一些优秀分子将这种带有嘲笑的称呼变成了光荣的徽章。他们并没有从英国国教中退出，而是继续努力去改革并按照自己的理念去重塑风纪。这些清教徒注定会在英国后来的事务中起到突出的作用。
分离派（Separatists）是一群比清教徒更为狂热的改革派。他们憎恨一切和罗马天主教相似的宗教信仰，他们丢掉白色法衣和圣书，并与英国国教断绝所有联系。在《统一法案》的管制下他们遭到了严厉迫害，所以大量分离派教徒不得不前往新大陆寻求避难所。这些流放到荷兰的分离派教徒后来成为“五月花号”和“斯碧维尔号”船上的清教徒前辈移民，正是这些人为新大陆的民主自由打下了基础。
