玛丽并没有完成亨利和爱德华改革宗教的任务，伊丽莎白也没有完成。伊丽莎白垂青改革教会更多是出于国家政策，而不是出于自己的信仰。她只能从新教教徒那里寻求支持；她的王位遭到了英国每个真正天主教徒的否认，因为她父母的婚姻就是罗马教皇禁止的。
玛丽女王重建的宗教机构再次解体，议会通过两大重要法案《至尊法案》和《统一法案》（1559）重建了英国国教的独立。《至尊法案》要求所有的牧师和王室大臣都要宣誓效忠女王并宣布女王是英国所有宗教事务和国家事务的最高领导，拒绝所有外来王公和主教的权威和管辖权。因为拒绝否认教皇的至尊地位，很多天主教徒在伊丽莎白统治时期被判死刑，更多的人在伦敦塔内遭受恐怖的酷刑折磨。
《统一法案》禁止牧师使用除英国国教礼拜仪式之外的任何其他宗教仪式，并要求所有人在礼拜日和其他圣日必须到英国国教教堂做礼拜。这项法案之下的迫害，使很多天主教教徒前往其他国家追求自己的信仰自由。
