腓力二世去世以后，西班牙在权威、声望和影响力上都逐渐衰退。这很大程度上是因为西班牙统治者的偏执和暴政。因此，在腓力三世（Philip III）统治时期（1598—1621），由于对摩里斯科人的驱逐而使西班牙的制造业和其他产业都遭受了沉重打击，再也没有恢复过来。腓力三世相信驱逐异教徒是取悦上帝的仪式，就像当初希伯来人将迦南人（Canaanites）从巴勒斯坦赶走一样。但是腓力三世这样做还有其他的动机。摩里斯科人被控告——并非没有根据，他们因对受到的压迫和迫害如此的绝望，就与非洲的摩尔人以及奥斯曼土耳其人一起谋划入侵西班牙，从而威胁到西班牙的和平和领土完整。
在1609年至1610年间，所有摩尔人的后代——超过50万最聪明、技术精湛而又勤劳的所有摩里斯科人后裔的半岛居民——基本上都被驱逐流放到北非地区。曾经人口众多、风景优美的地方变成了空荡的村落和荒芜的土地，由此我们可以看到西班牙遭受了多么沉重的打击。它确实实现了宗教统一，但是却付出了巨大的代价。
西班牙在半岛遭受重创的时刻，她在外部的属地也遭到损害。在我们称之为《1609年停战协定》（Truce of 1609）中，西班牙被迫承认新教尼德兰（荷兰）事实上的独立。在这些省份脱离出去后，西班牙失去了它最宝贵的属地。西班牙现在已经从历史舞台上第一流强国的序列中消失了。
对西班牙16世纪历史的简单回顾，至少能揭示其失败和迅速衰落的两个原因：第一，在欧洲错误的帝国政策让其卷入了永无休止而又毫无结果的战争；第二，政治上的专制和宗教上的偏狭。
