总体而言，腓力至少为基督教文明做了一个很大的贡献。他帮助基督教世界抑制了奥斯曼土耳其在地中海的发展。在这之前，土耳其人攻占了重要的塞浦路斯岛（Cyprus）并且袭击了马耳他（Malta）的医院骑士团（Hospitalers）——马耳他岛曾因骑士团的杰出的防御而免于落入异教徒之手。整个基督教世界大为震动，教皇、威尼斯人和腓力二世等人结成一个联盟。一支庞大的舰队被组建起来，腓力二世的同父异母弟奥地利的唐·胡安（Don John of Austria）为其统帅。
联军舰队在希腊西海岸的勒班托海湾（Gulf of Lepanto）遭遇了土耳其的分舰队。这场战争之惨烈在地中海军事史上自罗马人和迦太基人的第一次布匿战役之后再无可比。奥斯曼舰队几乎全军覆没，成千上万被关在土耳其桨帆船上的基督教战俘被解救出来。所有基督教国家为之欢欣鼓舞，其意义不亚于第一批十字军攻克耶路撒冷。
勒班托海战在历史上具有重要地位，因为它标志着伊斯兰教和基督教之间长达1000年斗争的转折点。尽管穆斯林也曾经遭受过许多挫折，但是在此之前笼罩在基督教世界南部和东部的威胁——前有阿拉伯，后有奥斯曼土耳其这样的穆斯林强国——从来没有像这次战役那样得以解除。勒班托海战的胜利彻底驱散了基督教世界的恐惧乌云。奥斯曼土耳其人虽然后来在其他地方取得了一些进展，但是再也没有恢复这一场灾难中丧失的威望，并且从此之后逐步走向衰落。
