弗朗索瓦和查理之间的停战使双方都腾出精力来处理国内的宗教异端问题。两个国家都有大量的工作要做，因为在双方交战期间，改革派的教义在各个阶层都得到了迅速传播。
弗朗索瓦对异端教徒的最严厉的打击落到了瓦勒度派（Waldenses）头上。瓦勒度派信徒是皮埃蒙特和普罗旺斯高山地区很多小村庄里的简朴而又平和的居民。这些人在中世纪后期却被当成了异端教徒，同新教改革者一起遭到了迫害。成千上万的人被斩首，更多的人被烧死在火刑柱上。后来，更多的迫害降临到他们头上，最后，那些不幸的幸存者在深山里找到了避难之所，得以将自己的宗教信仰一直流传到了现在。
