耶稣会（Society of The Jesuits）是另一个强大的重建教皇权威的附属机构。其创始人为西班牙人伊格纳修·罗耀拉。伊格纳修是西班牙宗教狂热的化身。他的目的是成立一个宗教团体，团体的成员无比忠诚且精力充沛，足以应对改革者的热情。1540年，教皇颁布诏令建立耶稣会。
耶稣会对社会的影响主要体现在教育上。他们的目的是在世界各地建立学校和大学，就像征服一个国家首先要派驻军队一样。伊格纳修生前成立了100多所教会大学和神学院；在他死后150年的时间里，耶稣会建立了超过700所神学院。
新教曾经纪律严明、时刻警觉并毫不妥协，现在却分裂成相互敌对的派系，耶稣会在对新教的反击上做了大量的工作，麦考莱（Macaulay）曾经宣称：“耶稣会的历史就是天主教反击新教的历史。”正是因为他们在匈牙利、波兰、波希米亚和德意志南部直接或间接的影响，曾经被新教侵袭并或多或少地远离旧信仰的地区再次回归罗马天主教的怀抱，比在教皇的统治下更为紧密地团结在一起。到16世纪末，天主教收复失地的工作已大体完成。在这些曾经的天主教国家重新恢复天主教构成了欧洲宗教史最为重要的事件之一。
耶稣会的努力不仅促成了天主教在欧洲的恢复，而且把天主教的教义和权威传播到了世界各地。在异教徒的土地上建立的所有神学院中最杰出的代表人物就是圣方济各·沙勿略（Saintly Francis Xavier，1506—1552），人称“印度使徒”。
