经过重新净化自身和清晰定义自己的教义信仰，罗马天主教要求所有信徒从今以后要绝对的服从。宗教裁判所开展了新的活动，异端邪说受到严酷地镇压。在所有拉丁国家，宗教裁判所裁判的执行都得到了世俗王公的支持，而在这些地方之外，当时的王公并不认可这样的宗教裁判，尽管荷兰和德国的一些地方在一定时期内也建立了这样的宗教裁判所。对顽固的异端分子，死亡——通常是烧死和剥夺财产是最常用的惩罚方式。毫无疑问，宗教裁判所对在欧洲南部遏制宗教改革运动起了重大的作用，尤其是帮助意大利和西班牙保持了对古老教会的忠诚。
在此，关于宗教裁判所的迫害，我们不应忘记，在16世纪，拒绝服从既定的信仰会被大多数新教徒及天主教看作是反社会的行为，并因此受到惩罚。在日内瓦，我们发现加尔文不遗余力地对塞尔维特（Servetus）进行审判并将其烧死，因为他发表了一些加尔文派认为属于异端邪说的思想；在罗马，我们看到布鲁诺（Giordano Bruno）因为不信仰天主教的教义而被烧死在火刑柱上；在英格兰，我们看到英国国教教徒（Anglican Protestants）不仅对天主教教徒，而且对所有拒绝遵从英国国教的新教徒，发动了最为残忍、激烈而又持续的迫害。
