在反抗罗马教皇的开始阶段，新教徒就分裂为几个相互敌对的教派，其中最重要的是路德派（Lutherans）和加尔文派（Calvinists）。路德派教义主要在德意志北部盛行，在丹麦、挪威和瑞典也被广泛接受，也曾传播到尼德兰，但很快就被加尔文派取代。在所有新教教派中，路德派对罗马天主教教义变更得最少。
加尔文派是约翰·加尔文（John Calvin，1509—1564）的追随者。加尔文出生于法国，由于受到迫害，离开法国来到日内瓦避难，并将这里作为该派运动的中心。 我们应该了解加尔文派传播的地域之广以及在十六七世纪的影响之大，法国的胡格诺派（Huguenots）、苏格兰的圣约派（Covenanters，盟约派）、荷兰的尼德兰人（Netherlanders）（大部分）、英国的清教徒（Puritans）和清教徒前辈移民都属于加尔文派。
这些大的新教教派最后分化成诸多小的宗派，每个宗派都固守着不被其他宗派认可的教义的某些次要点或坚持某些礼拜仪式，然而所有宗派都信奉宗教改革运动的核心教义——“因信称义”（Justification by Faith Alone）。
现在，这些教派之间的斗争十分激烈。这些宗派之间的斗争和分歧给改革运动带来了相当灾难性的影响。面对团结一致而又虎视眈眈的敌人，这些纷争大大削弱了新教的实力。他们的不和与纷争给了天主教强大有力的证据来反对整个改革运动。
