就在此时，被称为黑死病（Black Death）的可怕瘟疫降临欧洲。瘟疫经由地中海的贸易路线从东部传入欧洲，并在几年时间里从南方国家蔓延至整个大陆。拥挤的城镇、不洁的卫生状况和贫穷阶层悲惨的生活方式，无疑大大地增强了它的致病性。在许多地方，几乎所有的人都成为这场灾祸的受害者。一些村庄空无一人；许多修道院也几乎空置；人们看到空无一人的船只在地中海和波罗的海上飘荡。尸横遍野却无人收殓而腐于田间；牛羊无人看管而四处游荡。据估计，欧洲损失了1/3到1/2的人口。一位研究此次瘟疫的历史学家海克尔（Hecker）估计，遇难者总人数在2500万左右。这是人类遭受过的最可怕的灾难。
