13世纪见证了经院哲学的新发展。这一时期的杰出代表是艾尔伯图斯·麦格努斯（Albertus Magnus，1193—1280），或“大阿尔伯特”（Albert the Great），被称为“亚里士多德第二”；托马斯·阿奎纳（Thomas Aquinas，1225/1227—1274），被称为“天使博士”（Angelic Doctor），是阿尔伯特的得意门生。作为中世纪时期最伟大的经院学者及神学家，阿奎纳的声誉很大程度上取决于其巨著《神学大全》（Summa Theologiae）。该书被视为正统天主教教义的行为准则。教皇利奥十三世在通谕中称其为“所有学习场所最亮的光”，并告诫所有的老师“要将托马斯·阿奎纳的学说潜移默化地深入人心”。
但在经院学者时代，科学活动最杰出的代表是英格兰方济各会修士罗杰·培根（Roger Bacon，卒于1294年），因其在力学、光学、化学和其他科学方面的奇妙知识而被称为“奇异博士”（Wonderful Doctor）。他弄清了火药或类似爆炸物的成分，并在其作品中写道：“如此一来，无马之车和无帆之船便可推动自己像离弦之箭一般迅速行驶。” 因为他被同时代的人认为与魔鬼为伍，从而遭到迫害，入狱14年。然而有一点毋庸置疑，培根肯定是与所研读著作的阿拉伯学者为伍了。
罗杰·培根留给后人的最大遗产是一本叫作《大著作》（Opus Majus）的书，其中以一种惊人的方式预测了17世纪弗朗西斯·培根（Francis Bacon）主张的近代演绎科学原理。
