大学里三个最重要的专业分支是神学、医学和法学。很难说自然科学已经存在，当然在炼金术中隐藏着化学，而在占星术中也隐含着天文学。托勒密学说（Ptolemaic Theory）认为地球是旋转天体的静止中心，描绘并模拟了宇宙结构的图景。
所有大学都用拉丁语授课，且教学方法都一样：缺乏独立性的文本研读，且达到一种崇拜甚至近乎迷信的程度。即使在自然科学中，也没有对体验、观察和实验的任何严格要求；在解剖学上，讨论代替了解剖。书本被认为比自然本身更权威。宇伯威格（Ueberweg）说：“即便视亚里士多德为宗教创始人也不会被质疑。”如若谁胆敢批评“知者之师”，就会被视为傲慢与不敬。
