辅从性和灵活性
1988年在布鲁日发表的一次演说中，撒切尔夫人引起了人们对“于布鲁塞尔推行新统治的欧洲超级国家”的强烈恐惧；向“中央集权超级国家”的“滑坡”，成了英国的欧洲怀疑论者最喜欢引用的比喻。基于不同的出发点，对于将在德国联邦体制下属州政府主管的事务划归至欧盟权限范围的建议，德国各州政府也心存猜疑。事实上，许多联邦主义者觉得“一个日益紧密的联盟”的条约目标过于抽象，他们大都支持以“辅从性”原则为指导，确定什么是欧盟该做的，什么是它不该做的。该原则同时具有加尔文主义和天主教的渊源，要求职能范围较大的机构只行使那些职能范围较小的机构所不能行使的职能。根据此原则，条约要求共同体“只有在并仅限于所拟行动的目标非成员国所能充分实现”，以及（目标）“因其规模或影响而由共同体实现为好”的场合，才采取行动。
《罗马条约》含蓄地认可了此原则。它区分了两类共同体法令：对所有成员国“具有完整约束力”的“条例”，以及只就“所要取得的结果”具有约束力、而将“方式与方法”留待各国自己选择的“指令”。但这只是此原则很有限的应用，有时“指令”规定得十分具体，都没给各国留下多少余地。为此，《马约》对辅从性原则作了界定，《阿约》则制定了旨在保证此原则得到共同体机构贯彻的具体程序。有些联邦主义者觉得这还不足以防范过度的中央集权，建议条约应列出那些保留给成员国的权限。特别是由于德国的强烈要求，欧洲理事会在尼斯会议上决定于2004年召开另一次政府间会议，会议议程之一便是澄清欧盟与成员国间的权力分工问题。
对于究竟在哪些领域应该实施一体化，当然存在不同意见。这种分歧对《马约》产生了巨大的影响，例如英国决定不参加社会宪章与单一货币计划，以及丹麦决定不参加单一货币计划与共同防务计划。鉴于条约只能经全体一致同意才能修改，如果要将那些条款写入条约，其他国家政府就不得不接受英国与丹麦的退出。这使得人们对“灵活性”观念越来越感兴趣：让那些希望在一特定领域加深一体化的国家，能在共同体机构内继续推行其计划，或者换句话说，让少数国家选择不参加。这样做的目的之一是规避英国或丹麦的否决权，因为此两国强烈抵制进一步一体化。虽说1997年工党大选胜利后英国的政策有所变化，其他国家依然担心，大多数其他国家所认为的为准备向东扩大而必需的改革，会遭到英国与斯堪的纳维亚国家反对；同时人们还担心有些新成员国会不愿意或不能继续进一步一体化，或甚至无法有效地应对现有的一体化。
灵活性的概念在《阿约》中以“增强合作”的名义出现。联邦主义者偏好这个概念，因为它暗示着一批国家间更深程度的一体化；而欧洲怀疑论者则将灵活性看成是削弱整个共同体间纽带的途径。《阿约》规定，包括任何需取得全体一致同意的场合，如果一系列的条件得到满足，便可在共同体内实行“增强合作”；而《尼斯条约》则规定如能取得特定多数同意，8个或8个以上的国家就可实行这种合作。
