60年代：戴高乐抵制联邦主义者
1958年6月，《罗马条约》生效不到半年，戴高乐就任法国总统。他不喜欢共同体的联邦成分与志向，但也不愿直接挑战法国刚批准的条约，因此他转而寻求利用共同体提升法国的权力与领导地位。事例之一是他将原子能共同体排挤到权力中心之外，另一个例子是他行使否决权，使得旨在接纳英国、丹麦、爱尔兰和挪威为成员国的扩大共同体的首轮谈判于1963年结束。虽说英国政府对共同体概念的理解更接近于戴高乐而不是更热衷于联邦制的其他成员国，但它对本国农业与英联邦利益的保护使得谈判变得艰难而漫长，并令其他成员国感到厌烦。法国这种行使否决权的单边主义与民族主义做法引起其他成员国极度不满，并诱发了共同体内首次政治危机。接着在1965年，共同农业政策（CAP）的安排又引发了一场更大规模的危机。
共同农业政策从一开始就承载着法国的关键利益，戴高乐决心尽快制定这一政策，避免其被不当延误。该政策建立在价格补贴之上，需要巨额公共费用。法国与委员会都认为费用应出自共同体而非各成员国的预算开支。但具有联邦取向的委员会和信守民主原则的荷兰议会，坚持预算开支必须由议会管理；而鉴于共同体预算不能由6个单独的议会管理，因此它必须由欧洲议会来管理。这一主张得到其他成员国政府的赞同，但对戴高乐来说是绝不可接受的。他决然挑起“空椅危机”，在1965年下半年禁止其部长出席理事会会议达半年之久，引起了其他起成员国对他可能准备毁灭共同体的担忧。
双方都不愿轻易让步，最后此事件在1966年1月以一项所谓的“卢森堡妥协”了结。法国政府坚持保有在“一个或多个成员国的至关重要的”利益面临危险时的否决权，而其他5个成员国则申明将信守条约在某些问题上以特定多数表决的规定——该规定原本定于是月在一系列事务上生效。对戴高乐来说，关键问题似乎可能是理事会中的否决权而不是议会的作用；而尽管其他国家政府声称坚持多数议决的原则，但事实上戴高乐的立场在此后的20年间占据了上风。因此，卢森堡“否决”应该是比“妥协”更为确切的表述。不过在20世纪80年代中期，在协商单一市场计划的过程中，多数表决开始施行，现已成为绝大多数立法决议的标准程序。
尽管政府间主义与联邦主义之间存在这些分歧，关税同盟还是于1968年7月在条约规定的日期之前建立。关税同盟的巨大影响不仅见于共同体内部，也反映在共同体的对外关系上。凭借共同对外关税这一手段，共同体正在成为在贸易领域可与美国并驾齐驱的“强国”。肯尼迪总统曾建议就大幅削减关税进行多边谈判。在委员会的巧妙领导下，共同体作出了积极的响应；结果是平均削减关税达三分之一，由此开辟了一个新的时代，共同体从此成为推动国际贸易自由化的主要力量。
共同体政治起起伏伏的同时，法院在确立法治上却稳步发展。基于其负有条约规定的保障“法律得到遵守”的义务，法院通过1963年和1964年的裁决，确立了共同体法优先与直接有效的原则，从而使之能始终如一地在所有成员国中得到贯彻。尽管缺乏对国家主体的严格意义上的强制手段，但建立在条约和共同体机构立法之上的对法律的尊重成为一种黏合剂，将共同体紧密地联结起来。
