原则、规定和非关税壁垒
尽管GATT 1994的利益并未实现，但采用一套更加严厉、渗透性更强的规则却使得执行协定的成本有所增加。有些规则与过去东京回合谈判达成的内容雷同，旨在解决日益扩张的非关税壁垒问题。但与东京回合自愿守则不同，GATT 1994要求所有成员方都必须接受这些规则的约束。而且，这些强制性的规则通常与发达国家而不是发展中国家的标准要求相吻合。J. 迈克尔·芬格（J. Michael Finger）和菲利普·舒勒（Philip Schuler）在世界银行的一份研究报告中指出，诸如《海关估价协议》、《卫生与植物检疫措施协议》（SPS）以及《与贸易有关的知识产权协议》等协议的内容实际上相当于发达国家对其他国家发出命令：“按我的方式来行事１因此，这些规则往往被视为发达国家通过WTO强制实行的。即便从长远角度来看，发展中国家可能会从这些协议所要求进行的基础设施改革中获益，但他们对执行协议过程中的成本大感不满。结果，这些规则的建立不仅使WTO的管辖范围比GATT大大拓宽，同时也加剧了WTO内部的南北对立。尽管这些协议赋予发展中国家更长的过渡期，但尤其在西雅图部长级会议之后，发展中国家宣称，过渡期赋予的喘息机会远不足以解决他们执行协议的成本。
GATT 1994下《海关估价协议》即是这种协议的代表。各成员方极有可能出于海关目的对进口产品任意适用标准，从而用非关税壁垒填补关税削减。为了预防这一风险，各成员方制定了海关估价守则，并将其纳入GATT 1994以取代GATT 1947含糊不清的海关估价要求。该协议要求各成员方的海关规则与既定的一套海关进口估价标准保持一致。由于发达国家的海关管理程序早已完善，发展中国家事实上承受了更多的改革压力，且这些改革成本通常非常高昂。例如，据芬格和舒勒的保守估计，牙买加执行《海关估价协议》的成本将达840,000美元（包括120,000美元的培训成本、150,000美元的计算机设备和数据库成本，以及增加的600,000美元的人力成本）。
《实施卫生与植物检疫措施协议》（SPS）——谈判时作为GATT 1994下《农业协议》的一部分——引发的问题与海关估价基本类似。制定该协议旨在“维护政府提供适当健康保护措施的自主权，但需要确保这些权力不至因保护目的而被滥用，从而形成不必要的国际贸易壁垒。”原则上来说，这不会造成标准的一致化。成员方可以维持他们喜欢的标准和评估方法。但如果成员方在其边境对进口商品使用这些标准时，SPS协议则要求该成员方阐述其科学依据。由于现有国际通行标准都是由发达国家制定的，因此对发展中国家来说，证明本国标准同样有效的任务非常艰巨。即使发展中国家的原有制度有效可行，他们最终还是将大量款项用于更新自己的标准，以使其与发达国家的标准相符。例如，根据芬格和舒勒的记载，阿根廷花费了8,000多万美元用于提高动植物卫生检疫水平。在有些情况下，执行协议的成本甚至会超出最不发达国家（LDCs）的年度发展预算。《技术性贸易壁垒协议》（TBT）也给发展中国家造成了同样的困难。
SPS和TBT等协议不仅执行成本高昂，而且这些规则还侵入到了各国国内管理体制、伦理、消费者选择和人们的文化习惯之中。美国和欧盟关于欧盟禁止含有激素牛肉进口的争端之所以如此激烈，就在于它对人们的饮食习惯和文化偏好产生了重要影响。WTO争端解决专家组和后来的上诉机构最终裁定这一禁令违法，理由是它不符合SPS要求本国标准具备科学依据的规定，同时也没有考虑有关国际组织制定的风险评估程序。当欧盟宣布无法接受这一裁决后，WTO仲裁庭授权美国及随后的加拿大对欧盟实施报复。这一事件可被视为WTO干预国内偏好和饮食习惯的典型案例。
乌拉圭回合之后，GATT侵入国内主权的另一个富有争议的领域是《与贸易有关的投资措施协议》（TRIMs）。该协议中的各项政策可以被成员方政府用于要求外国投资者达到特定的业绩标准，以促进本国经济的快速发展。这其中包括，当地含量要求（即外国投资者必须使用一定量本国制造的产品）、出口要求（即跨国公司必须将其产品的一定比例用于出口以改善东道国的国际收支），以及技术转移要求。发展中国家极力反对将这些议题纳入GATT，理由是它们已超出GATT最初的管辖范围。结果，TRIMs协议未能完全如美国设想的那样，而发展中国家也争取到了更长的执行过渡期。但它的确成为GATT 1994不可分割的一部分。协议不允许东道国对外国投资者和产品采取违反GATT国民待遇要求和数量限制禁令的措施。
与SPS、TBT及其他新议题类似，发起TRIMs谈判的动力主要来自于发达国家。正如SPS、TBT协议采用北方标准那样，TRIMs协议意在保护外国直接投资（主要指北方国家）在东道国（主要指南方国家）的利益。如果“全盘交易”中有其他保护发展中国家利益的协议或条款来平衡这种不对称性，那么这些WTO规则本来是可以被接受的。但是实际情况却不是这样。例如，TRIMs协议虽然可以保护外国投资者的利益，却不能维护东道国的利益。因此，即使TRIMs协议成功引入了一套东道国用于对跨国公司进行管理的行为守则，但发展中国家曾期望制定的《联合国跨国公司行为守则》最终还是于1991年胎死腹中。
尽管GATT 1994的范围和目标都比GATT 1947更具扩张性和侵入性，但这并不意味着成员方面对国际规则的冲击而无任何防范措施。实际上，GATT 1994中有很多临时性中止义务的例外规定，如反倾销（AD）、反补贴税（CVDs）、国际收支平衡、幼稚产业保护、紧急保障及农产品和纺织品特殊保障措施。其中有些在GATT 1947中就已存在，但很少被援用。这是因为成员方，尤其是大国发现，经双方磋商达成的所谓“自愿出口限制”（VERs）措施执行起来更加简便。WTO的贡献在于对VERs施加限制，并从法律意义上明确义务中止的条件；而且，可以通过WTO争端解决机制来强制实施使得这些协定更具效力。然而，在实际操作中，人们却发现很难防止成员方——不管是发达国家还是发展中国家——滥用这些例外规定，因而让那些历经艰辛谈判达成的减让承诺大打折扣。
中止最惠国待遇义务最通常援引（及滥用）的WTO规定是反倾销。倾销是指“一国出口产品的价格低于其在本国市场的通常价格”。WTO成员方可以对这种倾销行为采取措施，但必须能够证明倾销对本国产业造成或可能造成“实质性损害”。《反倾销协议》相当深晦难懂，但成员方已经把超出经济和法律合理层面地随意援引反倾销措施当成一种习惯。尽管传统上发达国家是反倾销措施的主要使用者，但到1996年，发展中国家已取代发达国家成为反倾销调查的主要发起者。与之相比，其他绝大多数临时性中止义务的例外规定尚未得到真正使用，包括紧急保障和反补贴税。
WTO成员之所以频繁采用反倾销措施原因有二：第一，反倾销税是对另一国实施打击的最简便的方式，尤其因为《反倾销协议》深晦难懂，并且计算倾销数量非常困难。与之相比，其他例外规定更加明确，因而更不容易被滥用。例如，紧急保障措施由于其实施标准严格而不易采用，此外，它还要求使用保障措施的国家作出补偿。相比而言，反倾销措施更容易采用。第二，援引例外机制以规避义务现象与日俱增也许和WTO规则管辖范围不断扩张及其强制实施性有关联。为了避免违约后遭受惩罚的风险，成员方很可能会采取某种方式以事先声明其无法履行承诺。反倾销税正好提供了这样一种途径，它使成员方可以声称贸易伙伴向其国内市场以低价“不公平地”倾销商品。在GATT管辖范围仅限于特定货物的关税时，寻求这种借口的动机并不强烈。但当GATT 1994及其附属协议对一些重要领域进行规范管理，而且报复性措施将招致损失时，这就提出了一个严峻问题：WTO管辖范围扩张的同时是否增加了规避规则的机会，从而可能损害WTO整套体制？服务贸易和知识产权协定中WTO议题在广度和深度上的扩张是显而易见的。
