两种灵魂的教义
在库姆兰古卷中，许许多多教义同样散见于各处。但是，《宗团规则》中有一段话例外。它几乎可以说是对宗团的宗教思想的“系统”表述。在今天所谓的“两种灵魂的教义”中，导师教导所有的“光明之子”什么是人的品质、灵魂、行为以及与之相联系的奖赏或惩罚（1QS 3.13—4.25）。该文件开宗明义地说：
“从上帝的知识产生出一切现在和将来的存在。在它们存在之前，上帝确立了有关它们的完整设计，当命令发出时，它们便变成为存在了。这符合上帝的伟大设计——存在物一成不变地完成其任务。”
（15—16行）
这里表述的决定论在约瑟夫斯那里得到了确证，他报告说：撒都该派不承认命运，法利赛人则认为有的事情是预先命定的，有的则不是，而艾赛尼派则“使命运成为万物的情妇，且认为除非命该如此，任何事情都不会被看成是人。”（《犹太人古代史》13.171—172）
在两种灵魂的教义中，据说上帝根据他赐予人的灵魂的不同而把人类分为两部分。那些具有不义灵魂的人属于黑暗，由黑暗天使率领，而那些具有真理灵魂的人属于光明，由光明之君统辖。将所有人分为两大群体的做法，常常被说成是“伦理二元论”，是以生命的决定论为基础的。即使黑暗天使把某个公义之子引入歧途，这种变节行为的发生也是“和上帝的秘义协调一致的”（3.20—23）。
体现在两种灵魂教义中的这种二元论具有宇宙、人类和灵魂的维度：光明之君和黑暗天使对立；人类分为两大阵营，一个“涌现于光的源泉”，另一个“生于黑暗之源涌流的不义”；真理与不义这两种灵魂“在人的心里”挣扎。库姆兰宗团注定属于光明之子，而每一个成员的灵性价值都可以由他的身形外貌决定，对此，一个宗团相学文本有所阐述。
4Q186是一段引人入胜的文本，它用人的外貌来描述人的内在灵性特征。这个文本用密码写成，包含希伯来字母、希腊字母以及别的隐秘符号，以反序和镜中影像的方式书写而成。解码后发现，这些残片描述了3个不同外貌的人，说明了每人身上存在的灵性光明和黑暗的多寡。每个人的灵魂总值是9，这是一个随意挑选的奇数，避免了光明与黑暗在量上的均衡。第一个人是邪恶的：
他的头……［与脸颊］胖大，牙齿参差不齐，手指粗壮，大腿粗壮多毛，而且两条腿都这样，脚趾又粗又短。他的灵魂八（部分）来自黑暗之所，一部分来自光明之所……
（残片1）
第二类型是善的：
他的眼睛乌黑，明亮……他的声音柔和，牙齿精致整齐。他的个头不高也不矮……他的手指修长，大腿光滑，［脚趾］排列整齐。他的灵魂八（部分）来自［光明之所的］第二根柱子，一部分［在黑暗之所中］。
（残片2）
最后，第三个人则介于以上两者之间：
他的大腿瘦长，脚趾也瘦长。他来自第二根柱子。他的灵魂六（部分）来自光明之所，三（部分）来自黑暗的深渊。
（残片1）
对于我们来说，把灵性的价值等同于可人心意的身体属性，初看起来，似乎有些怪诞，但事实上，它和我们根据第一印象来判断人没有多大差别。无论如何，库姆兰宗团采用的是这种方法来考查那些有意加入其行列的志愿者。
在最后的时代，真理将在世界上永远崛起，上帝将净化人的灵魂和行为，因为上帝“已经以永久性的圣约选择了他们，亚当的荣耀将属于他们”（4.22—23）。就是说，与真理的胜利相伴随的是“乐园的失而复得”。
人类灵性历史的这一顶峰暗指两个相互关联的重要概念，即神的拣选和圣约。就我们可想见的而言，所有的古代犹太人都认为他们属于上帝的选民，而这一拣选是由订立的诸多契约（或神圣的协议）所确认的，这样的契约贯穿于《圣经》的全部历史，是在雅威和以色列人个体或民族之间订立的：大洪水之后和挪亚订立了约（《创世记》9.1—17）、与多国之父亚伯拉罕订立了约（《创世记》17.1—4）、和作为上帝之民的以色列人订立了约（《出埃及记》19—24），和非尼哈（Phinehas，《民数记》25）立了约、和利未人立了约（《马拉基书》2.4—5）、与大卫王立了约（《撒母耳记下》7；《诗篇》78.67—72）。这种契约的关系可以是无条件的、永久的，或者说，它要求对神之诫命的服从，犯禁则惩罚不担
然而，在历史的进程中，以色列人常常迷失方向，这时先知就站出来宣布忏悔之言。这个对库姆兰宗团特别重要的契约关系的一个发展是“遗民”或“真以色列人”的概念。遗民神学假定了一个以色列人的核心，他们仍然忠于雅威。在圣经文本中，“遗民”的意思是毁灭后残留的幸存者，挪亚及其家人（《创世记》7.23）就是其典型。通过神学化这一概念，《先知书》赋予了“遗民”以对未来之期盼的信仰（《以赛亚书》10.20—21）。
