公社时期
数百年后，另一个群体居住在了这片遗址上，德·沃确定他们是艾赛尼派。他把这段公社时期分为3个阶段。
阶段Ia（公元前135—前100年）
在这一阶段，人们对以色列时期的建筑略有改动，最显著的是增添了两个长方形蓄水池和几间房屋。由于没有发现硬币，德·沃难以确定这一阶段的年代。据他推测，这些建筑可能是在约翰·许尔堪一世统治期间，即公元前135年至公元前104年期间建造的，其依据仅仅是在上一层的Ib阶段发现了亚历山大·詹尼亚斯（Alexander Jannaeus，公元前103—前78年）时期的硬币。因此，阶段Ia的年代肯定更早一些。约蒂·马格内斯（Jodi Magness）最近指出，阶段Ia根本不存在，因为该层没有发现硬币，而发现的陶器碎片不足以区分各个被毁层。她认为，被德·沃指定为属于阶段Ia的增补建筑实际上属于阶段Ib。
阶段Ib（公元前100—前31年）
根据德·沃的观点，在Ib阶段，库姆兰遗址已定型。以色列时期的建筑大大扩展了，增加了两层楼的综合建筑和房屋，包括一个塔楼、厨房、礼堂、诸多院子、食堂、餐厅、食品储藏室、厩棚和陶匠的窑房。请注意，德·沃使用的名称并非严格意义上的描述性词语。他使用的很多术语，诸如“礼堂”和“食品储藏室”等等，是对这些房间功能的解释。供水系统因蓄水池和倾析池的增加而得到了扩大。
这里也有一层灰土，还有一个大蓄水池，其石阶已有了裂缝。德·沃认为，这些特征是公元前31年的一场地震和随之而来的大火造成的后果的证据。换句话说，阶段Ib开始于公元前100年，直到公元前31年还一直有人居祝这场地震促使居民们离开该遗址大约30年，在公元前4年之后才重返定居，开始了阶段II。同样，马格内斯又提出了不同的历史分期。通过把窖藏的硬币由属于阶段II重新确定为属于阶段Ib，她指出该遗址并没有在地震后遭到长期遗弃。居民们很快重返该遗址居住，那些无法修复的建筑物就弃之一边，保留了被毁时的状态。在她看来，灰土层表明在公元前9年或8年时，库姆兰因遭到暴力破坏而在短时间内无人居祝
阶段II（公元前4年—公元68年）
根据在该层发现的窖藏的硬币所作的分析，德·沃提出，在公元前4年至公元6年希律·阿基劳斯（Herod Archelaus）统治期间，该遗址上又有人居住了。该遗址的大部分场地得到了清理和修复，瓦砾扔在了峡谷北面的斜坡上，然而有些房屋，例如塔楼的底层，还是保留了被毁坏时的样子。人们对建筑物作了小小的改动，例如，将院落改造成有房顶的空间。供水系统也略作调整，听任现有的管道堵塞不管，新建了其他排水管。该时期的一个特色是工场的存在：陶匠的窑房继续使用；一个大火炉建在圆水池的正南方；还建了一个磨坊。然而，本层最有趣的发现却是涂有光滑灰泥的泥砖结构碎片。而今考古学家把它修复成三张桌子和两把椅子，一把是青铜椅，另一把是陶土椅。它们原本放在大礼堂上面的楼层，从上面摔到了底楼。德·沃提出，上面肯定有一个用作缮写的房间，类似于在中世纪修道院里发现的文书房（scriptorium）。这一解释一直有争议：有人认为古代的文士不在桌子上书写，而是将石板放在大腿和膝盖上书写；还有人指责德·沃用基督教术语描述犹太人居住区。该阶段终于战乱，有一层屋顶燃烧后留下的黑色粉末状物质和铁质箭头可为被毁的证明。该阶段离现代最近的硬币是犹太人的，于是德·沃推断说，它肯定毁于第一次犹太人起义，具体来说，很可能是起义的第三个年头（公元68或69年）。
阶段III（公元68—73年）
德·沃认为，基伯特－库姆兰公社时期随罗马人的一次侵袭而结束，而这次侵袭是罗马人征服犹地亚地区作战计划的一部分。在遗址上发现了凯撒利亚硬币和附近的道拉硬币。公元67年和68年，罗马士兵曾分别在这两个城市驻扎过。在德·沃看来，这证明此后有过短暂的罗马时期，那时有少量卫戍部队驻扎在那儿巡逻海岸，直到公元73年马萨达要塞陷落。在这一时期，只有东边的综合建筑群有人居祝该遗址作了大幅整改以用于军事用途，例如塔楼的墙壁双倍加厚、加固北墙等。居住区也发生了根本变化，因为不再需要集会的场所，也不再需要使用工常于是陶匠的窑房成了石灰储藏室。被毁坏的供水系统可能需要大量修理和维护，因此，罗马士兵只留用了综合建筑物外面的一个完好的大蓄水池。当马萨达要塞的最后一位奋锐党人死于罗马的巴勒斯坦总督弗拉维乌斯·西尔瓦（Flavius Silva）的围攻时，这段居住期也随即结束了。
