底本假说
17世纪晚期至19世纪晚期的种种问题使学者们得出结论：托拉——或摩西五经（pentateuch，源自希腊语，意为“五卷书”）——是一部作品合集。学者们首先注意到《创世记》中上帝的不同名字和称谓，然后就可以在摩西五经中鉴别出各种不同材料来源，每一种都有各自独特的词汇和主题。这种来源分析方法后来得以充分发展，被称为底本假说。这是现代批判学最早期的重要研究成果。
底本假说首先仅仅是一个假说，是对于数据的理论性阐释。它所解释的数据前后矛盾、内容重复、年代错误，诸如此类的细节问题表明材料的作者绝非一个。典型的底本假说会这样解释上述现象：假设有时期不同、作者不同的底本或者来源，它们随后被整合到了一起。学术上把对于摩西五经来源的鉴别和分析称为文学批判（literary criticism），但这种分析与解读文学作品相去甚远，与其称其为文学批判，不如称之为来源批判（sources criticism）。学界在来源的数量、出处和时间等问题上多有歧见。底本假说中最普遍的说法是：在现存旧约摩西五经之中，有四种较早的材料来源，一般以字母来标识。最早的来源是J（这一标注来自上帝圣名的德语拼法Jahveh，因为最早提倡该假说的学者多为德国人）。底本J成书于公元前第一个千年早期。该底本开篇（始于创2:4）就将上帝称为耶和华（Jahweh）。在这一底本中，上帝常常亲自与人直接交流。第二个来源为E，这个字母源于希伯来语的“上帝”一词埃洛希姆（Elohim）。这一底本为片段式，日期上比J稍晚。在E来源中，上帝在《创世记》中被称为埃洛希姆，他常常通过梦，先知或者天使与人间接交流，而不是亲自显现。按照时间顺序，下一个来源是D，因为该底本绝大部分都只是出现在《申命记》（Deuteronomy）之中。这一部分形成于公元前8世纪晚期至公元前7世纪。最后一个来源是P，对应Priestly一词，这部分成书于公元前500年之前的某一时期，主要关注宗教礼仪和仪式。在P来源和E来源中，《创世记》中的上帝都被称为埃洛希姆，直到《出埃及记》6章中上帝才将自己的名字耶和华启示给摩西。P来源在时间上最晚，同时也是摩西五经的最后编辑者，因此托拉的第一部分——《创世记》1章和结尾的大部分——《申命记》34章都是源自P。
底本假说被认为是对摩西作五经这一教义的背离，也就是对圣经权威的攻击，因此，这一理论屡遭责难，许多早期的支持者都受到谴责并被迫离开教职。然而，这一理论在19世纪末得到新教学者的广泛认同，到20世纪中叶，犹太和天主教学者也与新教学界达成一致。当然，保守派犹太教徒和基督徒仍排斥这一理论。
到20世纪晚期，原先的共识开始四分五裂。学者们开始质疑一些来源的形成时期和真实性，以及来源批判是否有助于理解现有文本。然而，尽管学者大多认为仅凭假说无法阐明摩西五经是如何一步步形成的，但是对于阐释者来说，底本假说仍然是一个必要的起点。从20世纪初开始，其他分析方法也初见端倪。形式批判（Form Criticism）就是其中一种，它考察各来源中的组成部分，通过对它们的鉴别和了解，探究来源形成之前的历史。随着人类学和社会学等学科的兴起，其他方法也应运而生。解读圣经的策略方法目前仍在发展，除了名目繁多的批判方法，还有圣经学者所采用的其他各种“主义”——形式批判主义、修订批判主义、（一般意义上的）文学批判主义、正典批判主义、结构主义、后现代主义、女性主义、后殖民主义，令人目不暇接。
底本假说实例
四种来源通常以大段的形式并列出现。不过，这些材料有时也会彼此交织，比如对于埃及瘟疫的记载（出7-11），还有下文摘录的洪水事件（创6-9）。根据底本假说，这段文本只有两个来源。其中J文本（正体）使用“耶和华”（原文为the Lord，希伯来语为yhwh），P文本（斜体）则使用“神”（原文为God，希伯来语为elohim），当然这两个来源还有许多其他细节差异。
当洪水泛滥在地上的时候，挪亚整六百岁。挪亚就同他的妻和儿子、儿妇，都进入方舟，躲避洪水。洁净的畜类和不洁净的畜类，飞鸟并地上一切的昆虫，都是一对一对地，有公有母，到挪亚那里进入方舟，正如神所吩咐挪亚的。过了那七天，洪水泛滥在地上。当挪亚六百岁，二月十七日那一天，大渊的泉源都裂开了，天上的窗户也敞开了。四十昼夜降大雨在地上。正当那日，挪亚和他三个儿子闪、含、雅弗，并挪亚的妻子和三个儿妇，都进入方舟。他们和百兽，各从其类；一切牲畜，各从其类；爬在地上的昆虫，各从其类；一切禽鸟，各从其类，都进入方舟。凡有血肉、有气息的活物，都一对一对地到挪亚那里，进入方舟。凡有血肉进入方舟的，都是有公有母，正如神所吩咐挪亚的。耶和华就把他关在方舟里头。（创7:6–16）
