教会遭遇攻击：来自内部的挑战
上述基督教故事并非唯一的版本。10世纪末叶教会内部出现的种种异议导致了东西方教会的大分裂。这种异议完全源于对基督教故事特定叙述的批评。在这类中世纪后期对基督教故事的批评中，值得关注的是对《圣经》基础的攻击。路德的宗教改革就是一个《圣经》研究教授的成果。他以令人惊叹的技巧研读古代《圣经》文本，不但将《圣经》译成当地语言，使之得到更广泛的阅读，而且还在一个特别敏感的时期向公认的《圣经》世界观发起了挑战。
在某种意义上，这不过是对全局的某些方面作出的较为次要的改变，特别是涉及教会在拯救个人灵魂的作用方面。中世纪后期的教义规定，由于上帝是公正的法官，故男人和女人虽因基督的事功而得救，仍必须为他们在世间的罪孽遭受惩罚；然而，如果利用了教会的种种补赎圣事，他们甚至在死后也能避免或减轻本应受到的公正惩罚。《马加比传下》第12章第43至45节在经文上提供了为死人祷告的依据。对这类教义的普遍接受赋予了教会统治集团极大的权威性。
路德通过细察《圣经》，尤其是保罗书信中的原始记载，对此类关于上帝公正和宽恕的见解提出了质疑。在他看来，关键经文见于保罗写给罗马人的书信中：“因为神的义正在这福音上显明出来；这义是本于信，以致于信，如经上所记：‘义人必因信得生’”（《罗马书》1：17，引自《哈巴谷书》2：4）。但是，路德追问道，当圣保罗论及福音书的上帝之义时，他到底指什么？是像经院神学家所主张的那样，指上帝施行正义，惩罚罪人、奖赏义人的公义本性吗？抑或指上帝赐予不义男女们的义？在希腊文的表述中，这两种理解都能成立。关键要看《罗马书》中的背景，分析保罗何以从《哈巴谷书》中引用那个短语。路德主张，保罗所说的上帝之义指的是上帝赐予信奉者和因信获生者的义（迪伦贝格尔［Dillenberger］，第11页）。
这是宗教改革中的关键时刻，也的确是欧洲历史上的关键时刻。对路德而言，《圣经》现在言说的是将人们从上帝律法和刑罚的威胁中解放出来，是上帝的仁慈和宽恕，其仁慈宽恕是施与所有聆听福音者的，而非只施与那些屈从于教会补赎规章的人。宗教改革正是以这种方式寻求将男女信徒从中世纪教会的束缚中解放出来。现在，他们可以在“世俗国度”中自由地响应神召了。
这种对保罗书信的全新解读，引发了人们的争论，为中世纪欧洲的权力结构和普遍精神特质的重大转型提供了基矗从的视角观之，有趣之处在于这次转型赖以实现的方式。路德通过分析经卷的“文法意义”来驳斥占支配地位的经院神学诠释。也就是说，他运用了在人文主义语文学和文本研究中通常使用的方法来理解保罗书信中的暗昧不明之处。借此做法，对保罗书信合理的批评性研究发展起来，并被用来颠覆占主导地位的官方诠释文本的方式。
路德对主流释经传统的批判源于教会内部。他在新教中的突出地位表明，这种对批判理性的运用将成为新教神学的根本特征（倘若它未被永久施行的话）。批判性研究方法的范围逐渐扩大：历史批评、社会学批评、文学批评随之涌现。当然，这种批判理性的实践会导致更加多样化的阐释，也可能导致更大分歧的出现。但无论钳制新教思想的正统势力何等强大，批判的精神总是存在，随时准备颠覆和挣脱正统宗派的控制。
