男性与核基因
一些研究人员一直在想方设法从现代人类线粒体DNA地区差异中找出证据以完善现代人类起源理论，同时，另一些研究小组也开始着手探索基因组。他们特别注意的核基因组的一部分就是来自男性Y染色体的DNA，它在女性X染色体上没有对应部分。因为女性没有与之对应的部分，所以Y染色体上的那一部分DNA在生殖细胞分裂时并不会重组，即，从专业的角度说，它和线粒体DNA都是基因组的“非重组”区域。因此，除了通过男性而不是女性传给下一代外，Y染色体DNA的这个部分同线粒体DNA是一样的。
Y染色体的研究结果和线粒体DNA的研究结果相同。27个Y染色体变异中的21个起源于非洲，并且非洲人Y染色体的变异远多于世界其他地区所有人加起来的染色体变异，因此，线粒体DNA的研究结果不是“昙花一现”。核基因研究也得到许多相同的结果，同线粒体DNA和Y染色体的研究一样，核基因研究也提供了早期人类与现代人类基因型混合的证据。
不管是对线粒体DNA、Y染色体还是对常染色体核基因组的研究，得到的主要信息就是，大部分但绝非全部的现代人类基因都起源于非洲。另一个信息是，非洲在过去的200万年里似乎是人类进化“迁徙浪潮”的源头。首次浪潮是匠人型类群的迁徙，然后是海德堡型类群的迁徙，再后也许是现代人型类群的几次迁徙浪潮，各次迁徒也许看起来没有差别，但各自带有不同的文化传承和技能。现在普遍认为，现代人类是在大约5—4.5万年前走出非洲东部的人类的后裔。研究者阿兰·邓普顿（Alan Templeton），作出的重要贡献是指出了一系列迁徙的证据，他的论文用了一个恰当的题目叫“不断走出非洲”（"Out of Africa Again and Again"）。
