来自尼安德特人的线粒体DNA
幸运的是，研究人员已经从尼安德特人化石中提取到了线粒体DNA的少许片段，所以现在可以从这另外一条证据研究尼安德特人所属的类群。在关于从一些人类化石中首次成功提取到线粒体DNA的报告中，马塞厄斯·克陵斯（Mathias Krings）和在莱比锡斯万提·皮耶博（Svante Pbo）实验室的其他研究人员解释说，他们已成功地从尼安德特人1号典型标本的肱骨上获得了少许线粒体DNA片段。在这个单一的化石线粒体DNA片段里，其核苷酸的序列远远超出了现代人类多种样本的变异范围。随后，线粒体DNA片段也从典型遗址（见上文）中新发现的第二个个体化石上获得，从俄罗斯玛兹梅斯卡亚（Mezmaiskaya）发现的幼儿骨骼中获得，从克罗地亚的温迪加（Vindija）的两个个体上获得，从比利时昂日尼安德特人的幼儿遗骨中获得，从最早在法国拉沙佩勒欧桑（La Chapelle aux Saints）发现的尼安德特人骨架上获得。被研究的化石的线粒体DNA片段之间的差异与随机挑选的相同数量的非洲现代人样本之间的差异相似，但与现代人类线粒体DNA片段之间的差异巨大且显著。被研究的线粒体DNA片段很短，但如果通过研究所得出的结果能够复制出染色体其他部分的基因片段，那么把尼安德特人置于一个区别于现代人的单独的种的观点就会得到强有力的支持。
在相当长的时间里，传统的观点认为，尼安德特人进化成了现代人类。这一观点得到近东尼安德特人化石初步年代测定结果的支持。初步的测年结果认为，发现在塔邦和阿木德两个洞穴的尼安德特人化石在时间上要早于在卡夫泽（Qafzeh）等遗址发现的更像现代人的化石。但是，更精确的测年方法颠覆了传统的观点。最近发现的证据表明，更像现代人的卡夫泽人化石在年代上要早于尼安德特人的化石遗存。
就算埋葬死者的风俗不是开始于尼安德特人，他们肯定也是最早有此风俗的人类之一，因为他们的化石遗存在质和量方面远远超过他们之前的人类。一些墓穴表明，尼安德特人有为死者举行仪式的习俗，甚至研究人员认为尼安德特人对艺术也有追求。
尼安德特人的遗存特别容易引起病理学方面的错误解释。例如，来自拉沙佩勒欧桑用于提取线粒体DNA的骨架有严重的骨关节炎病，但它恰巧被用于某次重要的复原尼安德特人的工作中，因此所有的尼安德特人都被假定有弯曲的背部和浑圆的肩。也有人认为，尼安德特人是具有先天性甲状腺机能减退症或称呆小症的现代人类。这一结论建立在尼安德特人遗址的分布与其同时代从欧洲延伸到近东的“甲状腺肿分布带”大致相对应的基础上。但是，这个例子忽略了相关性与因果关系之间的区别。呆小症能在骨骼上留下明显的痕迹，但在尼安德特人的骨骼化石上却并未见此痕迹。
需关注的几点
●如果匠人是第一批离开非洲的人类，那么这也正是许多次形态变革和行为变革“迁徙浪潮”中最早发生的一次——这些“迁徙浪潮”起源于非洲，然后传播到欧亚大陆，并最终遍布世界各地。研究人员称，现代人类的基因型保留有这些迁徙浪潮的若干证据，随着分子生物学家搜集的关于现代人核基因组的区域变异的资料越多，相关证据也会发现越多。
●研究者热衷于寻找更多的像德马尼西一样的遗址，他们能从这类遗址得到更多首次走出非洲的人类化石资料。一些研究人员推测，更大范围寻找肉食的需要是人类迁徙的根本动力。如果能找到有组织地狩猎活动的化石和考古证据，这个假说将能得到验证。
●对于类似海德堡人的早期猿人的起源和命运，我们知之甚少。与他们相关的最早证据来自非洲，但测年结果在50万年前至30万年前的可信的化石证据很少，这使研究人员无法研究他们与其后的种群如尼安德特人和智人之间的关系。
●关于绝对和相对脑量与行为的联系，研究者还是一无所知。在可以稳定获取高品质的肉类等食物之前，人类需要克服的认知和行为障碍是什么？
