宗教信仰取代理性
罗马帝国在五世纪衰败之后，古希腊—罗马时代关于世界形成和人类起源的观点被《圣经·旧约》的《创世记》中的讲述所取代，即依据推理的解释被基于宗教信仰的解释所代替。
《创世记》的主要内容众所周知，即上帝首先创造了一个叫亚当的男人，然后创造了一个叫夏娃的女人。因为都是上帝亲手的杰作，亚当和夏娃必须具备语言能力、理性思维和社会文化意识。根据人类起源的这个说法，最早的人们能够和谐相处；他们拥有一切高于并区别于其他动物的心智和道德意识。
《圣经》对现代人类中不同种族的解释是，在最后一次大洪水后，诺亚（Noah）的子孙迁移到世界各地繁衍生息，形成了现代不同的人种。拉丁文的“洪水”一词为“diluvium”，因此，任何古老的，或发生在“洪水前”的事件被称为“antediluvial”。对生物界的形成包含对后来洪水的解释，影响了后来人们所知的古生物学这门科学。在一次洪水后诞生的所有动物不可避免地消亡于下一次洪水，因此，洪水前的动物不会和后来替代它们的动物共存。本章后面将深入探讨这一话题，以及大洪水的其他影响。
《圣经》对人类语言的多样性也进行了解释。上帝创造出相互难以理解的语言造成了建造巴别塔的人们的混乱。在讲到人类起源的《创世记》中，魔鬼在伊甸园成功地诱惑了亚当和夏娃，迫使他们及其子孙后代重新学习农牧业。因此，他们不得不重新发明文明社会所需要的各种工具。
处于“黑暗时代”及随后时代（公元5至12世纪）的西方哲学家几乎毫无例外地支持《圣经》对人类起源的解释。直到自然哲学（而后被称为“科学”）被重新认识并迅速发展起来，这种状况才发生了改变，但悖谬的是，19和20世纪，科学方法刚开始运用到人类起源的研究中不久，一些宗教团体对科学家试图不完全照字面意思诠释圣经的做法给予的回应却是：进行更严格的直译。这一蜕变就是被错误地称作“创造科学”的“神创论”的起源。
在中世纪黑暗时期，希腊的经典文本很少能在欧洲幸免于难而存留下来。幸存的版本被穆斯林哲学家和学者阅读并珍藏，其中一些被翻译成阿拉伯文。在12世纪，当穆斯林被逐出西班牙后，几个中世纪基督教学者对这些手稿很好奇，并把它们从阿拉伯文翻译成为拉丁文。这些翻译的文本中有包括人类起源在内的对自然界的论述。例如，13世纪意大利的基督教哲学家托马斯·阿奎那（Thomas Aquinas）把希腊人关于自然界和现代人类的观点与一些基督教的阐释进行了融合。托马斯·阿奎那和他同时代的哲学家为文艺复兴奠定了基础，把科学和理性重新引入到了欧洲。
