帝国的反击
罗马教会很快就意识到，辉煌灿烂的艺术作品无法解决北欧新教异军崛起所带来的问题。1545年，教皇保罗三世（Paul III）召集特伦托公会议，以改革教会和驳斥路德主义。在此后的18年中，公会议起草了许多教令，构成了天主教反宗教改革运动的基矗这次会议重申了七宗圣礼、圣餐变体论、炼狱以及教廷权威的神圣性。它认可对圣徒、圣迹的尊崇，赞成购买赎罪券，但同时也改革了激怒路德的种种弊玻修道会进行了改造，培养教士的神学院建立起来，主教们被要求在教区管理上更为积极主动。在这次公会议的支持下，由西班牙人依纳爵·罗耀拉（Ignatius Loyola）领导的耶稣会于1540年成立（它更广为人知的名称是耶稣会士修道会），搜捕异端分子和宗教改革者的罗马宗教裁判所于1542年成立。
这次公会议也将注意力转移到新教宗教改革最有害的载体——印刷书籍——上来。1563年，它发布了一份禁书目录，目录上的书都被视为“异端”。它宣称，“如果有人阅读或收藏异端分子的书籍，或者任何因为思想异端或有学说虚妄嫌疑而遭谴责和禁止的作者所写的著作，立即革除他的教籍”。禁书目录收入数以千计的书籍，以路德、茨温利（Zwingli）和加尔文的著作为开端，但也包括马基雅维利的著作和伊拉斯谟的部分作品。特伦托公会议间接承认了印刷书籍的力量（一定程度上是通过资助天主教的印刷出版机构来出版正统典籍），可这一承认的代价却是现代大规模书刊审查制度的最早一次尝试。
特伦托公会议是改革、虔敬、好战和压制等成分狂热的混合，这一混合非常成功。据估算，到16世纪末，由于反宗教改革运动的缘故，罗马教会失去的几近三分之一的俗人信徒又返回了教会。然而，它对待宗教仪式、书籍乃至偶像的态度使得16世纪后半期的宗教版图进一步两极分化。特伦托公会议加深了新教与天主教的意识形态鸿沟，并在此过程中为这个世纪后半叶重新绘制了欧洲图景的宗教战争铺平了道路。
在1400年，欧洲还是轮廓模糊的、城邦与公国的集合，还谈不上“欧罗巴”实体，到了1600年，它已经变得面目全非。民族国家与正在兴起的全球性帝国主导了政治议程，东西方之间流动性的宗教交往已经硬结为天主教、新教和伊斯兰教规划性的信仰体系。这标志着现代国家体制的诞生以及与之相伴的民族主义的崛起。在此后的300年里，欧洲的帝国列强将对全球新发现的大部分地区提出主权要求。不过，这一时期留给后世的遗产还有一系列看似无法解决的宗教和政治冲突，这些冲突发生的地域千差万别，从爱尔兰、巴尔干到中东，它们源头则在于最早出现在文艺复兴时期的教会与国家的碰撞。
