近年来，人们已经发现男人和女人的大脑有非常多的差异，有些差异是在突触水平，有些是在传导信号的化学小分子水平，还有些是在特定脑区的尺寸水平。因此在神经科学领域已经有了一个大致的共识，那就是大脑确有“粉色”和“蓝色”之分（译注：“粉色”和“蓝色”并不是大脑的颜色，而是以“粉色”指代女人，以“蓝色”指代男人）（见图7.3）。
图7.3 看起来“金星”和“火星”相距也没那么远（译注：与“粉色”“蓝色”一样，“金星”指代女人，“火星”指代男人）
但有一个问题，不是所有的生理差异都会增添能力差异。目前，有些学者认为我们忽略了一些重要的问题。至少有些差异演化出来不是为了创造行为或能力的差异，恰恰相反，这些差异的作用是弥补两性间因不同的生殖器和生育行为而产生的遗传或者激素的差异。
这听起来可能有点矛盾，那么不妨想象一下笨重的山地自行车和轻量级的公路自行车。如果你骑的是山地自行车，那么为了达到与轻量级公路自行车相同的速度，你需要更用力蹬脚踏板才能抵消山地车受到的阻力，一个差异迫使你必须引入另一个差异才能达到同样的输出。从大脑的方面说，尽管有些环路泛着“粉色”或“蓝色”，但不影响输出（也就是行为）呈现出一种均匀的“紫色”。
历史上的大部分时期，男人和女人在生活中所扮演的不同角色都被认为是固有的、不可改变的。但在20世纪的下半叶，随着女权主义在西方世界的兴起，这个论调受到了挑战。也许男孩和女孩的行为差异来自于文化规范：例如，父母看到男孩子玩弄和摔打玩具汽车会给予夸奖，但却期望女孩矜持些，能够善待玩具。
不过，与此同时，我们对性别的生物学机制也有了新的理解。在子宫里，我们刚开始的时候差不多都可以算是女性，这种状态一直持续到怀孕6~12周时。接着，男性胎儿的Y染色体上的某个基因让一些细胞开始制造睾酮，促使阴茎和睾丸发育。女性胎儿走的就不是这条“睾酮路径”，因而发育出了女性生殖器官。
但是性激素的影响并不局限于性腺：它们也参与了大脑的发育，影响着各种神经环路的构建。性激素不仅能使我们产生解剖学差异，也可能影响我们成年后的行为，因为科研人员在许多脑区都找到了性激素的受体。
神经科学的一大研究热点就是男性和女性大脑的差异，在过去10年里随着脑成像技术的快速发展更是如此。最著名的发现之一是，男性似乎拥有一个更大的与空间推理相关的脑区，比如，做类似三维图像心理旋转的任务时需要用到的耳朵上方的左侧顶下小叶。而女性的语言相关脑区看起来更大。
这类工作的一个共同弊病就是两性之间的平均差异微乎其微，同一性别内的变异度要高于男性和女性之间整体的差异。换句话说，这些结果只说明了人群的平均值，而不是个体的情况。
不过，从事不同职业的女性数目也不同。比如，美国的计算机科学专业学生中女性只占20%左右，工程学专业也是差不多的比例。究竟是因为大脑的固有差异还是文化制约，让女性与这些对于如今这个技术导向型社会如此重要的高薪领域失之交臂？
对大脑性别的研究也加强了人们对男女区别教育（单一性别的教室或学校）的呼声。尤其是在美国，人们主张给不同“色调”的大脑定制不同的教学方案。
鉴于大脑有性别之分的观点对社会产生了如此广泛的影响，我们很有必要警惕这个观点的潜在瑕疵。2004年吉尔特·德·弗里斯（Geert de Vries）提出的补偿理论最先吸引了人们的注意，他在美国马萨诸塞大学阿默斯特分校研究啮齿动物的激素和大脑的信号传导系统。
