如果说伯里克利的去世象征着雅典衰败的开端，那么公元前399年苏格拉底被判处死刑则意味着雅典黄金时代的彻底终结，威尔·杜兰特说，从这一刻起，雅典人的躯体和灵魂都开始衰竭。苏格拉底死后不久，雅典人很快就后悔了，他们意识到自己犯下了错误，这样做等于是用一把火烧毁了雅典人最好的智力训练场和脑力体操馆。于是他们处死了主控者美勒图，放逐了其他两个起诉人，并且雕了一座苏格拉底的铜像放在雅典城内，加以纪念。
苏格拉底之死对于柏拉图的影响是巨大的，柏拉图从此对民主制彻底失望，这让他最终写出了《理想国》，在那里面哲学王统治着所有人。柏拉图还在雅典城东北角建立起了著名的学园（academy），与苏格拉底流连忘返的公共广场不同，柏拉图的学园是封闭的，面对的都是年轻人，教师与学生之间的关系也不再是公民广场上公民之间的平等对话关系，而是自上而下的教育和灌输。有学者（康福德）认为，在柏拉图这里，苏格拉底的“自治（self-rule）理想”彻底被外部的权威所取代。由于绝大多数人并不具备自觉和自治的能力，必须要让有智慧的人去统治无智慧的人。
毋庸讳言，苏格拉底之死是雅典民主制最大的历史污点，千百年来，人们一直以此来攻击民主制。可是，另一方面，我们不妨做这样一个思想实验：如果在雅典法庭上苏格拉底面对的不是501人的陪审团，而是三十僭主，他会遭受到不同的惩罚吗？我认为不会。我的意思是，哲人与城邦的紧张关系将永远地持续下去，除非像柏拉图所说的那样，哲人成为了王，或者王通过偶然的机会，学习哲学成为了哲学家。
雅典民主制曾经可以胸怀坦荡地面对各种异端思想，他们驱逐过普罗塔戈拉，但从未处死过任何一个异见人士，苏格拉底是唯一的例外。作为土生土长的雅典本邦人，苏格拉底一直活到了古稀之年，他一生都在说自己想说的话，充分享受到了民主制的优点——自由——带来的乐趣与美好。正像当代著名的保守主义者施特劳斯所承认的那样，在民主制中，所有类型的人都能够自由地发展，尤其是最优秀的那一类人。其中当然也包括被雅典民主制判处死刑的苏格拉底，因为苏格拉底死时已经70岁，换言之，在此之前，苏格拉底已经拜自由所赐，成就了卓越的一生。
某种意义上，苏格拉底之死源自“一次所有国家都经历过的那种突然的恐慌”，由于伯罗奔尼撒战争的失败，由于雅典民主制的三次政治地震，在危机时刻人心惶惶，难免会慌不择路地开始寻找“替罪羊”，这样的做法当然愚蠢透顶，可是就像汉密尔顿所说的那样，如果我们“考虑到苏格拉底是雅典唯一因为持不同意见丧生的人。另外有三个人被驱逐出境。总共就这么几个，而哪怕是看一看最近五百年来在欧洲有多少人被残酷虐待、被杀害，我们就知道雅典的自由是什么样的了”。
