以威廉·奥康开创的唯名论思潮是公元14世纪下半叶经院哲学的主流，它以批判和探索的精神，逐渐从内部瓦解了经院哲学，动摇了经院哲学的基础。基督教哲学也在这个时期逐渐衰落。
在中世纪的欧洲，基督教会的权力达到了无以复加的地步。教会不仅是精神领域的统治中心，而且也成了政治的中心。然而随着教会的世俗化，它也陷入了自上而下的腐败之中。当时的教会甚至滥用职权，售卖所谓的“赎罪券”，他们宣称“只要买赎罪券的钱币落进钱柜叮当一响，罪人的灵魂就会立刻从炼狱直飞天堂”。当人们对现存的基督教体制感到失望时，宗教改革发生了。
宗教改革的直接要求是消解教会的权威，变奢侈的教会为廉洁的教会。从哲学上看，宗教改革的内在要求则是由外在的权威返回到个人的内心信仰。中世纪的教会力图垄断拯救灵魂的权力，它提出人获得救赎必须借助教士的中介作用。教皇是上帝在人间的代理人，掌握着拯救灵魂的大权。教会甚至禁止一般基督徒阅读《圣经》，唯有教会才有解释《圣经》的权利。就信仰层面的等级而言，以教皇为首的宗教人士被教会称为“属灵等级”，高于一般信徒的“世俗等级”。针对这些观念，德意志宗教改革家马丁·路德提出了“因信称义”的学说。只要受洗入教、心存信仰，人人都可享有与教皇、主教同等的权利。只有体现在基督身上的上帝权威才是真正的权威，只有记载基督言行的《圣经》才是永无谬误的。人人都有权阅读和解释圣经，并在阅读中与上帝交流。教皇和其他宗教人士只是为信众提供服务，并没有高于其他教徒的特权。
在马丁·路德的领导下，最初在德国，接着在瑞士、英国、法国以及北欧，掀起了一场声势浩大、震撼教廷的宗教改革运动，并且最终脱离了罗马教会，自行成立了新教，经过长时间的斗争还取得了合法的地位。
与宗教改革几乎同时发生的还有文艺复兴运动。意大利和西欧各国的人文主义者以复兴古希腊、古罗马文化为名，开启了一场比宗教改革更为深刻的思想解放运动。人文主义反对中世纪抬高神、贬低人的观点，肯定人的价值、尊严和高贵；反对中世纪神学主张的禁欲主义和来世观念，要求人生的享乐和个性的解放，肯定现世生活的意义；反对封建等级观念，主张人的自然平等。
随着宗教改革和文艺复兴运动的进行，基督教的权威被破除，使得哲学思考的对象从天上的神转回到人间。于是，经过这些思想准备，近代理性主义哲学登上历史舞台。
