1561年皇都诞生 Birth of a Royal Capital
腓力二世将王宫迁至伊比利亚半岛中心的马德里
马德里阿尔卡拉街街景，安东尼奥· 若利绘于1750年左右
1559年，腓力二世从荷兰返回西班牙定居。两年后，他决定将王宫迁至伊比利亚半岛中心的马德里。在此之前，王宫随君王流动，可能位于卡斯提尔、亚拉贡或者那不勒斯，但宫廷人数不断增长——1561年达一万五千人，迁移王宫变得越发不现实。
马德里气候恶劣，自然资源不多，不适于建都。而腓力二世选择这个偏僻小镇，远离西班牙塞维利亚、加的斯、巴塞罗那等发达中心城市，就是为了避开公众的视线。腓力迷恋于工作，无论大小事务都不愿委派他人决定，他每日伏于案前数小时为琐事操劳，改进当时不公开且效率低下的政府官僚体系，将朝中贵族远派海外完成外交或军事任务。
有一天腓力在打猎时，在马德里以北25英里（40千米）处发现埃斯科里亚尔修道院建筑群所在地。这一庞大的建筑群是腓力二世统治时期建造的最伟大建筑，历时二十年完工（1563—1584），其中收藏着腓力的大量藏书、手稿和圣物，也建有陵墓，自查理五世起的西班牙国王葬于此地。腓力长住于此，直至1598年去世。其子费力三世将马德里改为巴洛克式都城。
